модификация файлов vcf перед преобразованием в BCF

Я добавляю новые файлы vcf в ранее созданный файл bcf, в котором поле ID в VCF было установлено на CHR:POS:POS:REF:ALT?

Как установить поле ID в VCF на CHR:POS:POS:REF:ALT?


bioinformatics bcftools vcf-variant-call-format
person Hroshan    schedule 04.03.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Я полагаю, вы ищете вариант --set-id. Из документации по адресу http://www.htslib.org/doc/bcftools.html:

Чтобы назначить идентификатор:

bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS\_%REF\_%FIRST_ALT' file.vcf
person OronNavon    schedule 12.03.2019