У меня проблемы с простым вводом файлов в plink (я новичок в кодировании). На данный момент я просто пытаюсь сделать файл кровати в plink
Недавно я запустил массив HD SNP, чтобы найти вариант номера копии. Казалось, все идет хорошо, пока я не попытался ввести файлы ped и map в plink. Первоначально я получал сообщения об ошибках «полуотсутствующие вызовы в файле .ped», но когда я проверил строки файла, я не увидел никаких проблем, т.е. в месте, указанном в сообщении об ошибке, было 0/0.
После многих попыток обойти это, мне посоветовали попробовать файлы в формате vcf и ввести их в plink. Теперь я получаю другое сообщение об ошибке, в котором говорится:
неверный вариант координаты bp в строке 533890 файла .vcf
Я облазил весь интернет и не нашел решения
Это строка кода, которую я пытаюсь запустить:
/data1/_software/plink/plink --vcf RBV_MNEc670_BPW_NoPQC.vcf --make-bed --out SNP_array_bed --horse --no-pheno --no-sex --no-parents --no-fid
Я знаю, что хочу сделать постельный файл, и я совершенно уверен, что не делаю никаких синтаксических ошибок. Мое текущее сообщение об ошибке гласит:
обнаружено 257665 МБ оперативной памяти; резервирование 128832 МБ для основного рабочего пространства --vcf: завершено 533 тыс. вариантов. Ошибка: неверный вариант координаты bp в строке 533890 файла .vcf.
Любая помощь будет принята с благодарностью!
