проблема с установкой модуля perl с cpanm

Я пытаюсь установить Vcf.pm из CPAN, и мне не повезло. Часть проблемы в том, что я не могу заставить работать cpanm.

Вот с чего я начал:

https://metacpan.org/pod/release/AJPAGE/Bio-Pipeline-Comparison-1.123050/lib/Vcf.pm

Инструкции по установке (в левом нижнем углу на этой странице) дают 2 варианта:

cpanm Vcf

и

perl -MCPAN -e shell
install Vcf

Для второго варианта первая строка работает нормально, но вторая строка возвращает:

Warning: Cannot install Vcf, don't know what it is.

Попробовав первый вариант, я получаю:

-bash: cpanm: command not found

Это странно, потому что я уже установил cpanminus, и вроде все прошло нормально, и когда я даю эту команду:

cpan App:cpanminus

Я получаю это:

App::cpanminus is up to date (1.7044).

Может ли кто-нибудь помочь мне заставить работать один из двух вышеперечисленных вариантов, чтобы я мог установить модуль? Я просто скромный дилетант в том, что касается компьютерного программирования, но насколько я понимаю, cpan должен упростить установку модулей, поэтому я не могу поверить, что мне удалось потерпеть неудачу в этом!


macos-mojave perl cpan cpanm vcftools
person mcrepeau    schedule 21.08.2019    source источник
comment
Судя по всему, весь дистрибутив был удален из CPAN.   -  person melpomene    schedule 21.08.2019
comment
Вы можете посмотреть на github.com/vcftools/vcftools.   -  person melpomene    schedule 21.08.2019
comment
Возможно, вы ищете VCF (все буквы заглавные). Устанавливается без проблем.   -  person daxim    schedule 21.08.2019
comment
Вы, ребята, были правы: модуль является частью VCFtools и на самом деле называется VCF.pm (столицы). Не уверен, почему устаревшая программа, которую я получил, называет ее Vcf.pm. Но CPAN прекрасно нашел и установил VCF, и когда я изменил все ссылки в унаследованном коде с Vcf на VCF, программа скомпилировалась и запустилась. Ура!   -  person mcrepeau    schedule 22.08.2019

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Похоже, что дистрибутив Bio::Pipeline::Comparison не индексируется PAUSE, поэтому CPAN не знает, как его установить. Он указан на MetaCPAN, но выпущен семь лет назад. Репозиторий GitHub отсутствует и отсутствует в директории CPAN автора . Модуль исчез. Вы можете написать автору, чтобы спросить, куда он делся, если вы поддерживаете устаревший код. Если вы делаете новую работу, найдите что-нибудь другое, чтобы выполнить эту работу.

Что касается отсутствующего cpanm, он, вероятно, установлен, но не в вашем PATH. Вы можете принудительно установить его и посмотреть, где он окажется:

% cpan -f App::cpan minus
person brian d foy    schedule 21.08.2019
comment
MetaCPAN перечисляет удаленные дистрибутивы, поэтому его там можно увидеть. Хотя cpan и cpanm его не найдут, вы все равно можете загрузите его с MetaCPAN (и с страница BackPAN автора) и установите его вручную. - person ikegami; 21.08.2019
comment
Хорошо, cpan -f App::cpanminus сработало. Теперь работает команда cpanm. Не уверен, почему при установке без -f не удалось добавить модуль в PATH. Мой Mac настроен на автоматический запуск в среде conda, когда я открываю новое окно терминала. Может ли это иметь какое-то отношение к этому? Интересно узнать о несуществующих дистрибутивах, которые все еще появляются в MetaCPAN. - person mcrepeau; 22.08.2019