Стратегия управления подмодулем Git

Это сценарий, в котором вы можете использовать git-subtree (слияние)

Если вы внесли изменения в другой проект в своем репозитории, они могут захотеть объединиться с вашим проектом. Это возможно с помощью поддерева  — оно может сдвигать вверх пути в вашем дереве, а затем они могут объединять только соответствующие части вашего дерева.

http://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/howto/using-merge-subtree.html

Идея слияния поддеревьев заключается в том, что у вас есть два проекта, и один из них отображается в подкаталог другого, и наоборот. Когда вы указываете слияние поддеревьев, Git достаточно умен, чтобы понять, что одно является поддеревом другого, и выполнить слияние соответствующим образом — это довольно удивительно.

http://progit.org/book/ch6-7.html

Но я полагаю, вы хотите использовать подмодули и не отходить от них.

Я не могу, так как каждый подмодуль независим.

Хотя это правда, что подмодуль является «независимым», поскольку он имеет свой собственный набор коммитов и ветвей в качестве отдельного репозитория, вы все равно можете определить ветку клиентского проекта в указанном подмодуле.

Эта ветвь будет определена в вашем основном репозитории клиентского проекта, а также в основном подмодуле, чтобы изолировать изменения, относящиеся к клиентскому проекту, сделанные в обоих репозиториях.
Когда вы отправляете эти изменения, сделанные в основных подмодулях , вы отправляете их в ветку клиентского проекта, имя которой совпадает с именем клиентской ветки, используемой в родительском репозитории вашего клиента.

Короче говоря, соглашение об именах может помочь вам изолировать небольшие специфические изменения, сделанные в основном подмодуле, используемом и совместно используемом многими репозиториями клиентских проектов.