Как получить доступ к методам подкласса указателя, если эти методы уникальны для подкласса?

Динамически выделяйте «копию» std::cin, захватывая ее буфер. Хранение памяти в std::unique_ptr также было бы идеальным, поскольку вам не нужно было бы беспокоиться об удалении указателя вручную.

#include <memory>

int main(int argc, char* argv[]) {
  std::unique_ptr<std::istream> currentStream( argc == 3
    ? std::make_unique<std::ifstream>(argv[2])
    : std::make_unique<std::istream>(std::cin.rdbuf())
  );

  // will only fail when the file cannot open
  if (!currentStream) {
    std::cerr << "FILE COULD NOT BE OPENED\n";
    return 1;
  }

  std::string myLine;
  // go line by line and translate it
  while (std::getline(*currentStream, myLine)) {
    std::cout << rot13(myLine) << std::endl;
  }
}

Есть несколько мест, где ваш код можно улучшить. Я думаю, что наиболее заметным местом для улучшения является то, что вы пытаетесь сделать слишком много в одной функции. Ваша цель не дублировать код — это хорошо, но модульность вашего подхода. Переместите общий код в его собственную функцию, например:

void do_stuff(std::istream & currentStream)
{
    std::string myLine;
    // go line by line and translate it
    while (getline(currentStream, myLine)) {
        if (currentStream.eof()) {
            break;
        }
        std::cout << rot13(myLine) << std::endl;
    }
}

Эта функция должна содержать все, что является общим для двух путей кода. (Я заменил указатель на ссылку, чтобы вызывающие сразу знали, что нулевой указатель неприемлем.) Когда вы изменяете основную функцию так, чтобы она вызывала эту, вы должны заметить, что некоторые вещи становятся проще. В частности, нет необходимости в динамическом размещении (что приводит к отсутствию попытки delete &cin выглядеть плохо). Вы можете легко использовать локальную переменную для вашего файлового потока.

int main(int argc, const char ** argv)
{
    if (argc == 3) {
        // Handle optional file input
        std::ifstream fileStream(argv[2]);
        fileStream.open(argv[2]);
        if (fileStream.fail()) {
            std::cerr << "FILE COULD NOT BE OPENED\n";
            return 1;
        }
        do_stuff(fileStream);
        fileStream.close();
    } else {
        do_stuff(std::cin);
    }
    return 0;
}

Переместив общий код в отдельную функцию, вы останетесь в своем предложении if. Нет необходимости делать вывод, нужно ли закрывать *currentStream, поскольку вы никогда не покидали ветку кода, которая создала файл.

Есть еще одно место, где вы могли бы упростить вещи. Не звоните open и close. Вы используете конструктор ifstream, который принимает имя файла, поэтому конструктор уже вызывает open за вас. (Когда вы явно вызываете open, вы говорите компьютеру закрыть файл и повторно открыть его.) Точно так же деструктор вызовет close вместо вас; это ключевой момент RAII.

Избавление от ненужных звонков оставляет:

int main(int argc, const char ** argv)
{
    if (argc == 3) {
        // Handle optional file input
        std::ifstream fileStream(argv[2]);
        if (fileStream.fail()) {
            std::cerr << "FILE COULD NOT BE OPENED\n";
            return 1;
        }
        do_stuff(fileStream);
        // Keep in mind that, even though there is no C++ code here, there is something
        // important being done after the call to do_stuff. Specifically, the destructor
        // for fileStream is called, which closes the file for you.
    } else {
        do_stuff(std::cin);
    }
    return 0;
}

Просто извлеките метод:

void process(std::istream is) {
    string myLine;
    // go line by line and translate it
    while (getline(is, myLine))
        cout << rot13(myLine) << endl;
}

int main(int argc, char** argv) {
    if (argc == 3) {
        ifstream ifs(argv[2]);
        if (!ifs) {
            cerr << "FILE COULD NOT BE OPENED\n";
            return 1;
        }
        process(ifs);
    } else {
        process(cin);
    }
}

У Таса правильный подход в комментариях. Вы не можете вызвать метод непосредственно в currentStream, вы должны вызвать его в интерфейсе приведения.

ifstream* stream = dynamic_cast<ifstream*>(currentStream);
if (stream) {
     stream->close();
}

Я также думаю, что вам, вероятно, следует изменить свой код, чтобы он не полагался на динамическое приведение, будь то новый интерфейс или отдельный метод.