Не удается установить bcftools-gtc2vcf-plugin с помощью conda

Я установил bioconda, следуя инструкциям на странице https://bioconda.github.io/user/install.html#set-up-channels. Затем я попытался

conda install bwa
conda install bcftools
conda install plink2

Все нормально установили. Однако, когда я попытался

conda install bcftools-gtc2vcf-plugin

or

conda install -c bioconda bcftools-gtc2vcf-plugin

как указано на странице https://bioconda.github.io/recipes/bcftools-gtc2vcf-plugin/README.html, я получил следующие ошибки:

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - bcftools-gtc2vcf-plugin

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-64
  - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.

Любая помощь будет высоко оценен.

Заранее спасибо!


anaconda miniconda bioinformatics bcftools
person Mousheng Xu    schedule 02.01.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я бы посоветовал (по состоянию на 06.01.2020) не использовать плагин bcftools-gtc2vcf, так как это старая версия, в которой отсутствуют многие функции по сравнению с текущей версией. Я бы посоветовал либо скомпилировать из исходников (https://github.com/freeseek/gtc2vcf), либо в качестве альтернативы можно загрузить предварительно скомпилированные двоичные файлы (https://personal.broadinstitute.org/giulio/gtc2vcf), который должен работать в системах с установленным ≥GLIBC_2.3 (и убедитесь, что вы используете последнюю версию BCFtools)

Если вы получаете сообщение об ошибке:

No functional bcftools plugins were found in
    BCFTOOLS_PLUGINS="/Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins".

- Is the plugin path correct?

- Run "bcftools plugin -lv" for more detailed error output.

Could not load "gtc2vcf".

(ошибка плагина bcftools, которую сопровождающие скоро исправят), можете ли вы вместо этого попробовать запустить одну из следующих команд:

$ bcftools plugin gtc2vcf -vv
$ bcftools +gtc2vcf -vv
$ bcftools plugin /Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so -vv
$ bcftools +/Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so -vv

Вы должны получить причину, по которой плагин не загружается. Типичное сообщение об ошибке может выглядеть так:

/Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so:
    dlopen   .. /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.3' not found (required by /Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so)
person freeseek    schedule 06.01.2020
comment
Очень рад получить ваш ответ! Я загрузил два файла .so и поместил их в подпапку плагинов bcftools, установил BCFTOOLS_PLUGINS, но когда я запустил bcftools +gtc2vcf, я получил следующие ошибки: В BCFTOOLS_PLUGINS=/Users/moxu/ не найдены функциональные плагины bcftools. xbin/seq/bcftools/плагины. - Правильный ли путь к плагину? - Запустите плагин bcftools -lv для более подробного вывода ошибок. Затем я запустил плагин bcftools -lv и получил те же сообщения об ошибках, что и выше. Кстати, мой bcftools — это htslib 1.9, и я предполагаю, что это последняя версия. Спасибо большое! - person Mousheng Xu; 08.01.2020
comment
Вам понадобится bcftools 1.10 для запуска gtc2vcf - person freeseek; 08.01.2020
comment
Я использовал bioconda для установки bcftools, и установлена ​​версия 1.9. Однако я написал Perl-скрипт для преобразования GTC в формат 23andme, а затем использовал bcftools convert --tsv2vcf для преобразования файла формата 23andme в VCF. Довольно просто. - person Mousheng Xu; 15.01.2020