Как добавить параметры sbatch, такие как --wait, в файл snakemake

Я не уверен, где добавить параметр --wait sbatch при использовании snakemake. Я попытался добавить его в саму команду snakemake, но получаю следующую ошибку:

Error submitting jobscript (exit code 1):
Submitted batch job 5389577

Любая помощь будет принята.

Моя команда snakemake следующая:

snakemake --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --jobs 99 --cluster-status 'python /home/lamma/faststorage/scripts/slurm-status.py' --cluster 'sbatch  -t {cluster.time} --mem={cluster.mem} --cpus-per-task={cluster.c} --error={cluster.error}  --job-name={cluster.name} --output={cluster.output} --wait' --cluster-config bacterial-hybrid-assembly-config.json --configfile yaml-config-files/test_experiment3.yaml --snakefile bacterial-hybrid-assembly.smk

snakemake
person Lamma    schedule 08.01.2020    source источник
comment
Чего вы пытаетесь дождаться? И почему?   -  person Maarten-vd-Sande    schedule 08.01.2020
comment
Я вызываю другой конвейер в правиле, но snakemake попытался перейти к следующему правилу до того, как конвейер в предыдущем правиле завершил работу, поэтому я получаю ошибки пропуска вывода. Это мое сообщение об этой проблеме   -  person Lamma    schedule 09.01.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Добавление флага --parsable в команду sbatch позволит сценарию --cluster-status правильно анализировать идентификаторы заданий. Соответствующие источники: 1, 2.

'sbatch  -t {cluster.time} --mem={cluster.mem} --cpus-per-task={cluster.c} --error={cluster.error}  --job-name={cluster.name} --output={cluster.output} --wait --parsable'
person Manavalan Gajapathy    schedule 08.01.2020