После нескольких часов поиска на этом веб-сайте и пробования множества разных вещей, которые не работали, я решил опубликовать свой вопрос. В настоящее время у меня есть текстовый файл (id.txt), который содержит около 100 строк следующих IDS в этой форме:
5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1125821
5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992
У меня есть фаста на 7 гб с записями в виде
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1125821 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1101:10654:16493 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGAACCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACTTCTTGTTTCCTTGGTGGGTTCGCCCACCACTAGGACAAACATAAACCTTTTGTATTGGCA
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1104:27124:5463 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGACCCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACATCTTGTTTCCTTTGTTGTTTCTCCCACCCCTAGGACAAACATAAACCTTTAGTAATTTCAATCAGCGT
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1129826 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1110:14480:9405 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGAAACTCTCGAGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTAACCCTTGTCGTTCGCGTACTTCTTGTTTCCTTGGTGTGTTCGCCCACCACAAGTAAAAACATAAACCTTTTGTAA
Все идентификаторы из id.text можно найти в seq.fasta. Ожидаемый результат найдет соответствующий идентификационный номер в файле fasta из файла id.text и выдаст:
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1125821 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1101:10654:16493 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGAACCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACTTCTTGTTTCCTTGGTGGGTTCGCCCACCACTAGGACAAACATAAACCTTTTGTATTGGCA
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1104:27124:5463 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGACCCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACATCTTGTTTCCTTTGTTGTTTCTCCCACCCCTAGGACAAACATAAACCTTTAGTAATTTCAATCAGCGT
В настоящее время я могу извлекать одну последовательность из файла fasta за раз, используя grep в bash, просто копируя и вставляя один идентификатор из файла.
Ex: grep 5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 seq.fasta -A 1
Результат:
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1104:27124:5463 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0 AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGACCCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACATCTTGTTTCCTTTGTTGTTTCTCCCACCCCTAGGACAAACATAAACCTTTAGTAATTTCAATCAGCGT
Однако у меня есть несколько текстовых файлов, каждый из которых содержит от 50 до 300 идентификаторов, которые я хотел бы использовать для извлечения последовательностей из файла FASTA, а извлечение последовательностей по отдельности кажется излишне трудоемким. Я хотел бы найти способ найти и вывести последовательности из файла fasta для нескольких идентификаторов, расположенных в отдельном текстовом файле. Я в основном экспериментировал с командами awk и grep в bash, основываясь в основном на других ответах на этом сайте, и почти каждая команда, которую я пытаюсь, не дает результата и сообщения об ошибке.
Примеры, которые я пробовал:
awk -F '>' 'NR==FNR{ids[$0]; next} NF>1{f=($2 in ids)}f' id.txt seq.fasta
awk 'NR==FNR{ids[$0];next} /^>/{f=($1 in ids)} f' id.txt seq.fasta
grep -Fwf id.txt seq.fasta
grep -Ff id.txt seq.fasta
Мне кажется, что я пробовал много вариантов этих двух команд (на основе других предложений о переполнении стека и биостаре), а в bash ничего не происходит, нет результата или нет сообщения об ошибке. Я тоже относительно новичок в кодировании, поэтому я не могу точно определить, что идет не так. Я также открыт для любого Python или другого кода, который также может быть использован. Любая помощь или совет будут оценены. Спасибо!
