Кригинг в Гстате

У меня проблема с кодом, который выполнялся 1000 раз без ошибок.

Сообщение об ошибке:

"Error in bb[, "max"] : subscript out of bounds"

Я понятия не имею, что означает бб. Я думал bbox, но это то же самое для сетки и точек.

Код:

setwd("C:/Users/matev/desktop/")
getwd()
remove(list=ls())

library(gstat)                                        
library(rgdal)
library(lattice)

#input data
DF<-read.csv(file="UpperRukaragata.csv", sep=",", dec=".", header=T)
str(DF)

plot(DF$X,DF$Y, col=DF$Z, cex=11, pch=14)

coordinates(DF)<-~X+Y    
str(DF)
summary(DF$Ta2O5)
plot(DF)

# grid
x.range <- as.integer(range(DF@coords[,1]))
y.range <- as.integer(range(DF@coords[,2]))
str(x.range)

grd<-expand.grid(x=seq(from=x.range[1]+2.5, to=x.range[2]-2.5, by=5), y=seq(from=y.range[1]+2.5, to=y.range[2]-2.5, by=10))
coordinates(grd)<-~x+y
gridded(grd)<-T
plot(grd)

dimnames(coordinates(DF))
dimnames(coordinates(grd))
dimnames(grd@coords) <-list(NULL,c("X", "Y"))
dimnames(grd@bbox) <-list(c("X", "Y"))

bbox(DF)
bbox(grd)

#variogram  Z
v1<-variogram (Ta2O5~1, loc=DF)
plot(v1, type="p", plot.numbers=F, cex=0.65, pch=16)
vm1<-vgm(70, "Pen",70, 0)
(vmf1<-fit.variogram(v1, vm1))
print(plot(v1, plot.numbers = F, pch = 20, col = "darkblue", model = vmf1))

##ordinary kriging
Ta2O5<-krige(Ta2O5~1, DF, grd, model=vmf1 )

Как решить эту проблему?


person Matevž U. Pavlič    schedule 15.05.2020    source источник
comment
Вот идея: предоставьте воспроизводимый пример, скрипт + данные, которые кто-то другой тоже может легко запустить.   -  person Edzer Pebesma    schedule 16.05.2020
comment
Хорошо, позвольте мне убедиться, что эта ссылка работает: dropbox.com/s/ t51533imtc098g1/АпперРукарагата.csv?dl=0   -  person Matevž U. Pavlič    schedule 17.05.2020
comment
Я так и сделал - образец набора по ссылке выше, скрипт выше. Надеюсь, этого достаточно.   -  person Matevž U. Pavlič    schedule 18.05.2020


Ответы (1)


Мне непонятно, зачем там какие-то строчки, комментарий следующий:

#dimnames(coordinates(DF))
#dimnames(coordinates(grd))
#dimnames(grd@coords) <-list(NULL,c("X", "Y"))
#dimnames(grd@bbox) <-list(c("X", "Y"))

Теперь все можно запустить и все работает. Лучше проще.

setwd("C:/Users/matev/desktop/")
getwd()
remove(list=ls())

library(gstat)                                        
library(rgdal)
library(lattice)

#input data
DF<-read.csv(file="UpperRukaragata.csv", sep=",", dec=".", header=T)
str(DF)

plot(DF$X,DF$Y, col=DF$Z, cex=11, pch=14)

coordinates(DF)<-~X+Y    
str(DF)
summary(DF$Ta2O5)
plot(DF)

# grid
x.range <- as.integer(range(DF@coords[,1]))
y.range <- as.integer(range(DF@coords[,2]))
str(x.range)

grd<-expand.grid(x=seq(from=x.range[1]+2.5, to=x.range[2]-2.5, by=5), y=seq(from=y.range[1]+2.5, to=y.range[2]-2.5, by=10))
coordinates(grd)<-~x+y
gridded(grd)<-T
plot(grd)

## Why doing this? comment it

#dimnames(coordinates(DF))
#dimnames(coordinates(grd))
#dimnames(grd@coords) <-list(NULL,c("X", "Y"))
#dimnames(grd@bbox) <-list(c("X", "Y"))

bbox(DF)
bbox(grd)

#variogram  Z
v1<-variogram (Ta2O5~1, loc=DF)
plot(v1, type="p", plot.numbers=F, cex=0.65, pch=16)
vm1<-vgm(70, "Pen",70, 0)
(vmf1<-fit.variogram(v1, vm1))
print(plot(v1, plot.numbers = F, pch = 20, col = "darkblue", model = vmf1))

##ordinary kriging
Ta2O5<-krige(Ta2O5~1, DF, grd, model=vmf1 )

spplot(Ta2O5)
person Alexandre Wadoux    schedule 19.05.2020
comment
Спасибо за это. Закомментированная строка должна была дать одинаковые имена скоординированным столбцам,,... - person Matevž U. Pavlič; 19.05.2020