geom_text() на граненых панелях вызывает изменения в отображении символов

Спасибо за воспроизводимый пример. Теперь стало намного яснее понимать, что происходит.

Описываемое вами поведение переназначения связано с тем, что при изучении дискретных значений (обучении шкалы) оно не обновляет метки, полученные из данных гистограммы, с помощью меток, полученных из текстовых данных. Чтобы исправить этот бит, вы можете вручную установить пределы шкалы.

ggplot(data=tot_hist_df,
       aes(x=mids, y=counts, shape=type, color=type))+
  geom_point() +
  geom_text(data=hist_label, 
            aes(x=10,y=1000,label=lab)) +
  scale_color_manual(values=sb.colors_l, limits = levels(hist_label$type)) +
  scale_shape_manual(values=sb.shapes_l, limits = levels(hist_label$type)) +
  facet_wrap(~expt, ncol=2)

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Или же вы можете установить drop = FALSE в ручных весах:

ggplot(data=tot_hist_df,
       aes(x=mids, y=counts, shape=type, color=type))+
  geom_point() +
  geom_text(data=hist_label, 
            aes(x=10,y=1000,label=lab)) +
  scale_color_manual(values=sb.colors_l, drop = FALSE) +
  scale_shape_manual(values=sb.shapes_l, drop = FALSE) +
  facet_wrap(~expt, ncol=2)

КОНЕЦ РЕДАКТИРОВАТЬ

Ниже приведены несколько советов, которые могут оказаться полезными. Во-первых, вы можете использовать именованные векторы в ручных дискретных шкалах, которые сохранят связь между символом и цветом/формой независимо от того, присутствует ли символ в данных.

Это также полезно, когда вам нужно создать несколько одинаковых графиков, и вы не знаете, присутствует ли только подмножество категорий на каком-либо одном графике.

Обратите внимание, что на приведенном ниже графике цвета правильно сопоставлены с данными, и для неиспользуемого сопоставления символа/цвета not_in_data не отображается элемент легенды.

my_colours <- setNames(object = c(brewer.pal(3, 'Dark2'), 'black', 'blue'), 
                       nm = c(levels(hist_label$type), "not_in_data"))
my_shapes <- setNames(object = c(1, 2, 16, NA), 
                      nm = levels(hist_label$type))

ggplot(data=tot_hist_df,
       aes(x=mids, y=counts, shape=type, color=type))+
  geom_point() +
  geom_text(data=hist_label, 
            aes(x=10,y=1000,label=lab)) +
  scale_color_manual(values=my_colours) +
  scale_shape_manual(values=my_shapes) +
  facet_wrap(~expt, ncol=2)

Второй совет заключается в том, что вы можете избежать необходимости включать текст в легенду, если текстовый слой не наследует эстетику основного сюжета (который присваивает форму и цвет текстовому слою, что, вероятно, ему не нужно). Также обратите внимание, что, поскольку шкалу не нужно обновлять для цвета и формы текста, восстанавливается правильный порядок уровней факторов из гистограммы.

ggplot(data=tot_hist_df,
       aes(x=mids, y=counts, shape=type, color=type)) + 
  geom_point() +
  geom_text(data=hist_label, 
            aes(x=10,y=1000, label=lab),
            inherit.aes = FALSE) +
  scale_color_manual(values=my_colours) +
  scale_shape_manual(values=my_shapes) +
  facet_wrap(~expt, ncol=2)

Альтернативный способ добиться того же — определить не эстетику в вызове основного сюжета, а вместо этого вызвать ее в точечном слое (график идентичен приведенному выше).

ggplot(data=tot_hist_df) + 
  geom_point(aes(x=mids, y=counts, shape=type, color=type)) +
  geom_text(data=hist_label, 
            aes(x=10,y=1000, label = lab)) +
  scale_color_manual(values=sb.colors) +
  scale_shape_manual(values=sb.shapes) +
  facet_wrap(~expt, ncol=2)

Я надеюсь, что это помогло!