Как связать исходные файлы с IDE на основе Eclipse

Сейчас я нахожусь в начале проекта программного обеспечения для аппаратной платформы Xilinx Zynq SoC. Компания Xilinx предлагает для разработки программного обеспечения собственную IDE на базе Eclipse под названием Vitis. Из соображений контроля версий мне необходимо иметь исходные коды приложений и исходные коды пользовательских периферийных IP-драйверов в отдельных каталогах (скажем, App_src и Drivers_src), и мне нужно связать проект Vitis с вышеупомянутыми исходными кодами таким образом, чтобы модификация исходных кодов происходит в каталоге, находящемся под контролем версий. Это означает, что мне нужно предотвратить любое копирование исходных кодов в рабочую область. Может ли кто-нибудь сказать мне, как решить это системным образом, то есть в отношении использования системы контроля версий? Заранее спасибо за любые идеи.