Уважаемое сообщество по переполнению стека,
Я хотел бы попросить вас помочь с моей проблемой. Я использую пакет ggtree для построения филогенетических деревьев, и я хотел бы показать на этих графиках больше информации, как это обычно бывает в статьях. Меня особенно интересует дерево с цветными ветвями (со смешанным градиентом), показывающее некоторые вариации непрерывного признака и некоторую точку на конце ветвей, указывающую цветом (или формой) дискретный признак. Хотя я могу делать и то, и другое по отдельности, мне совершенно не удалось объединить обе эти вещи в одном сюжете. Не могли бы вы помочь, пожалуйста?
Здесь я представляю вам воспроизводимый пример. Давайте получим это случайное дерево (tree.1) с девятью видами и некоторыми случайными длинами ветвей и эту случайную таблицу данных об этих видах (data1):
###STACK EXAMPLE
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")
library(ggtree)
tree.1<-read.tree(text="(spec1:2.2,((spec2:1.8,(spec9:1.4,(spec3:1.3,spec5:1.3):0.1):0.4):0.2,(spec8:1.7,(spec6:1.5,(spec7:1,spec4:1):0.5):0.2):0.3):0.2);")
data1<-data.frame(row.names = c("spec1","spec2","spec3","spec4","spec5","spec6","spec7","spec8","spec9"),
"tip" = c("spec1","spec2","spec3","spec4","spec5","spec6","spec7","spec8","spec9"),
"colour" = c("red", "red", "blue", "red", "red", "blue", "blue", "red", "blue"),
"fylo.signal" = c(0.1, 1.0, 0.3, 0.6, 0.2, 0.8, 0.7, 0.3, 0.6))
Если вы посмотрите на данные, вы увидите столбец цвета, который является моей дискретной переменной, и fylo.signal, который представляет собой случайную непрерывную переменную.
Чтобы построить эти графики, я использовал два примера (этот для градиентного цвета ветвей и мой старый вопрос для цвета точек на концах веток).
Я могу начать с ветвей цветового градиента. Перед нанесением данных на график есть небольшой черный ящик, но я думаю, что хоть немного понял, что он делает. Сначала я извлекаю только непрерывную переменную (b) и вычисляю узлы для своего дерева (a), а затем вычисляю свою непрерывную переменную для всех узлов, не являющихся вершинами, в моем дереве, то есть не только для конца. Затем я объединяю данные вместе.
b <- as.matrix(data1)[,3]
a <- data.frame(node = nodeid(tree.1, names(b)),
signal = b)
fit2 <- phytools::fastAnc(tree.1,b,vars=TRUE,CI=TRUE)
c <- data.frame(node = names(fit2$ace), signal = fit2$ace)
d.1 <- rbind(a, c)
d.1$node <- as.numeric(d.1$node)
d.1$signal <- as.numeric(d.1$signal)
После этого я вставляю также дискретную переменную (и делаю внутренние узлы с NA для этого цвета):
colour.vector <- c(data1$colour, rep(NA, nrow(d.1)-nrow(data1)))
d.2 <- cbind(d.1, colour.vector)
d.2
... а затем вставляю эти данные в само филогенетическое древо:
tree.2 <- dplyr::full_join(tree.1, d.2, by = 'node')
Теперь о прорисовке. Я могу сделать цвет градиента ветвей, чтобы представить мою непрерывную переменную. Следующий код создает этот график:
## example1 (SEPARATE TREES)
t1 <- ggtree(tree.2, aes(color=signal), layout = 'circular',
ladderize = FALSE, continuous = TRUE, size=2) +
ggplot2::scale_color_gradientn(colours=c('red', 'orange', 'green', 'cyan', 'blue')) +
geom_tiplab(hjust = -.1, offset=.1) +
theme(legend.position = c(.05, .85))
t1
... и это изображение, когда я пытаюсь построить дискретную переменную в виде точек разного цвета на конец ветвей (обратите внимание, что, хотя цвета инвертированы, на самом деле он соответствует набору данных, который я использовал):
t2 <- ggtree(tree.2, layout = 'circular') + geom_tiplab(hjust = -.1, offset=.1)
t2 <- t2 %<+% data1 + geom_tippoint(pch=16, size=4, aes(col=colour))
t2
Но когда я пытаюсь объединить эти два, возникает ошибка:
## example 1.5 (ERROR)
t3 <- t1 %<+% data1 + geom_tippoint(pch=16, size=4, aes(col=colour))
t3 ## Error: Discrete value supplied to continuous scale
Я думаю, когда функция aes используется при создании дерева, ее нельзя переопределить для частей графика? Я этого не понимаю. Мой лучший снимок - это следующий код:
## example 2 (WRONG ORDER OF COLOURS)
t4 <- ggtree(tree.2, aes(color=signal), layout = 'circular',
ladderize = FALSE, continuous = TRUE, size=2) +
ggplot2::scale_color_gradientn(colours=c('red', 'orange', 'green', 'cyan', 'blue')) +
geom_tiplab(hjust = -.1, offset=.1) +
theme(legend.position = c(.05, .85)) +
geom_tippoint(pch=16, size=4, color=as.factor(colour.vector[1:9]))
t4
... что на самом деле делает это НЕПРАВИЛЬНОЕ изображение. Точки на концах ветвей окрашены, но не в соответствии с тем, что было в исходном наборе данных. Они следуют порядку в наборе данных, но не назначаются правильным видам. Виды были окрашены в соответствии с последовательностью из набора данных spec1 против часовой стрелки. Я не могу заставить ggtree фактически следовать за видами, как в моем втором графике выше, используя тот же код.
Кто-нибудь может помочь, пожалуйста?
