RuntimeError с использованием Networkx в примере кода

Следуя примерам на https://networkx.github.io/documentation/stable/reference/drawing.html, я попробовал следующий код:

import networkx as nx
G = nx.complete_graph(5)
A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)
H = nx.nx_agraph.from_agraph(A)

Я получаю RuntimeError следующим образом:

H = nx.nx_agraph.from_agraph(A)
Traceback (most recent call last):

  File "/home/nom/anaconda3/envs/wcats/lib/python3.7/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1750, in iteritems
    ah = gv.agnxtattr(self.handle, self.type, ah)

StopIteration: agnxtattr


The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-10-19c378da806e>", line 1, in <module>
    H = nx.nx_agraph.from_agraph(A)

  File "/home/nom/anaconda3/envs/wcats/lib/python3.7/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 85, in from_agraph
    N.graph.update(A.graph_attr)

  File "/home/nom/anaconda3/envs/wcats/lib/python3.7/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1740, in keys
    return list(self.__iter__())

  File "/home/nom/anaconda3/envs/wcats/lib/python3.7/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1743, in __iter__
    for (k, v) in self.iteritems():

RuntimeError: generator raised StopIteration

Эта ошибка настолько проста, что я подозреваю, что проблема связана с самим пакетом. Любые предложения о том, как я могу попытаться решить эту проблему?


person CheeseArchitect    schedule 25.08.2020    source источник
comment
Какие версии networkx и pygraphviz у вас установлены?   -  person Joel    schedule 26.08.2020
comment
Исходя из этого: stackoverflow.com/questions/51700960/, мне кажется, что это несовместимость вашей версии pygraphviz с Python 3.7.   -  person Joel    schedule 26.08.2020
comment
Я запускаю python 3.8, и я запускал pygraphviz 1.3, который conda установил автоматически. Я видел, что pygraphviz включен на v1.6, и я установил эту версию с помощью pip. Это все исправило. По-видимому, эта ошибка стала известной проблемой в PEP 479 и нарушила старые версии pygraphviz и другого программного обеспечения. См. github.com/pygraphviz/pygraphviz/issues/168.   -  person CheeseArchitect    schedule 26.08.2020