Я использую conda, где это возможно, для установки пакетов в Ubuntu и macOS. Я храню пакеты в отдельных conda средах, чтобы лучше управлять зависимостями. Как установить Perl плюс общие неосновные модули Perl, максимально используя conda? Очевидно, мне также нужно использовать поверх conda что-то вроде App::cpanminus для установить определенные модули.
Я нашел этот пост: Использование cpanm для установки модулей Perl в среде Conda, Йозен Эрнандес (30 июня 2020 г.). Пока что перечисленные там методы работают, например:
# install Perl and the module App::cpanminus:
conda create -c bioconda --name perl526 perl-app-cpanminus
source activate perl526
# install Regexp::Common Perl module:
env PERL5LIB="" PERL_LOCAL_LIB_ROOT="" PERL_MM_OPT="" PERL_MB_OPT="" cpanm Regexp::Common
source deactivate
Есть ли более простые или надежные решения?
Примечания:
Я знаю, что conda Perl на несколько версий отстает от самой последней версии Perl, а perl-app-cpanminus отстает еще больше. Для моих приложений это нормально. Я создаю рабочие процессы биоинформатики, используя Nextflow и Galaxy, где максимальное использование conda дает множество преимуществ. Следовательно, я могу мириться с несколько старыми версиями Perl.
Мне известны указания на основном Perl-сайте, которые ссылаются на perlbrew, но меня интересуют решения на основе conda.
