ORA-00932: несогласованные типы данных: ожидалось - получил CLOB - при использовании clob в функции regexp_substr

Попробуй это:

UPDATE TableName
SET Tab_DATE = SYSDATE
WHERE Tab_ID IN (
    select replace(dbms_lob.substr(regexp_substr(clob_variable,'[^~]+~', 1, level)), '~', '') from dual
    connect by dbms_lob.compare(regexp_substr(clob_variable,'[^~]+~', 1, level), empty_clob() ) != 0
)

данные должны быть преобразованы в строку (CHAR или числовой тип, рассматривающий Tab_ID столбец как INTEGER в этом случае) из CLOB, например

UPDATE TableName
   SET Tab_DATE = SYSDATE
 WHERE Tab_ID IN
       (
        SELECT TO_NUMBER(REGEXP_SUBSTR(clb, '[^~]+', 1, level))
          FROM (SELECT clb
                  FROM t -- the other table with CLOB column
               CONNECT BY level <= CEIL(DBMS_LOB.GETLENGTH(clb) / 4000))
       CONNECT BY level <= REGEXP_COUNT(clb, '~') + 1
           AND PRIOR SYS_GUID() IS NOT NULL 
       )

regexp_substr возвращает CLOB, если ваш первый входной параметр - CLOB, но вы не можете сравнивать содержимое CLOB с чем-либо, используя in или =. Поэтому вам нужно преобразовать возвращенные вами CLOB в тип данных вашего TAB_ID.

Итак, если ваш TAB_ID является числовым типом, он должен быть:

UPDATE TableName
SET Tab_DATE = SYSDATE
WHERE Tab_ID IN (
    select to_number(to_char(regexp_substr(clob_variable,'[^~]+', 1, level))
    from dual
    connect by level<=regexp_count(clob_variable, '[^~]+')
)

и если ваш TAB_ID - varchar2 или char:

UPDATE TableName
SET Tab_DATE = SYSDATE
WHERE Tab_ID IN (
    select to_char(regexp_substr(clob_variable,'[^~]+', 1, level)
    from dual
    connect by level<=regexp_count(clob_variable, '[^~]+')
)

Обновление: для таких вещей гораздо лучше использовать коллекции, а не конкатенированные строки. Просто создайте собственную коллекцию, например:

create or replace type numbers as table of number;
/

И свяжите вам список чисел как коллекцию, чтобы ваш запрос выглядел так:

select * from tablename where id in (select * from table(:numbers))

Пример использования коллекций в запросах:

SQL> select * from table(numbers(1,2,3,4));

COLUMN_VALUE
------------
           1
           2
           3
           4