Сеть болезней

У меня есть таблица с двумя столбцами: один столбец содержит Disease names, другой содержит Genes. Я хочу создать граф только из Disease nodes, соединяющий два узла, если на них влияет общий ген.

Как я могу сделать это в Cytoscape?


networking cytoscape
person Supermanxxx    schedule 26.10.2020    source источник
comment
Добро пожаловать в Stack Overflow. Было бы желательно, если бы вы включили любой код, который вы пробовали до сих пор. Рассмотрим некоторые рекомендации в справочном центре, а именно как задавать домашние вопросы и отвечать на них?.   -  person bad_coder    schedule 27.10.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

В Cytoscape нет кнопки (или функции импорта), которая автоматически выполняет это преобразование. Вам нужно будет выполнить это преобразование до импорта сети, чтобы построить нужную сетевую модель. Или вы можете выполнить это в несколько шагов в Cytoscape, следуя такому алгоритму:

  1. Импорт сети генов болезней
  2. Определите наборы узлов болезни, смежных с данным узлом гена (например, выберите каждый ген, а затем выберите первых соседей или используйте фильтры).
  3. Соедините узлы в каждом наборе как клику (все подключены ко всем) (например, щелкните правой кнопкой мыши выбранный набор, Добавить › Ребра, соединяющие выбранные узлы)
  4. Удалить генные узлы (и, следовательно, все соединения генов болезни) (например, выбрать все узлы или использовать фильтры)

Если вам нравятся R или Python, вы можете использовать RCy3 или py4cytoscape для взаимодействия с Cytoscape при выполнении преобразования с помощью скрипта.

person AlexanderPico    schedule 29.10.2020
comment
Спасибо, это было очень полезно! - person Supermanxxx; 02.11.2020