Как получить список измененных файлов для фиксации с помощью JGit

С двумя ссылками, указывающими на два коммита, достаточно сделать следующее, чтобы повторить все изменения между коммитами:

        ObjectId oldHead = repository.resolve("HEAD^^^^{tree}");
        ObjectId head = repository.resolve("HEAD^{tree}");

        // prepare the two iterators to compute the diff between
        try (ObjectReader reader = repository.newObjectReader()) {
            CanonicalTreeParser oldTreeIter = new CanonicalTreeParser();
            oldTreeIter.reset(reader, oldHead);
            CanonicalTreeParser newTreeIter = new CanonicalTreeParser();
            newTreeIter.reset(reader, head);

            // finally get the list of changed files
            try (Git git = new Git(repository)) {
                List<DiffEntry> diffs= git.diff()
                                    .setNewTree(newTreeIter)
                                    .setOldTree(oldTreeIter)
                                    .call();
                for (DiffEntry entry : diffs) {
                    System.out.println("Entry: " + entry);
                }
            }
        }
    }

В jgit-cookbook