Расширить пути из канала

Мои данные структурированы как образцы, которые запускаются партиями. Итак, у меня есть такая иерархия каталогов:

/path/to/dir/batch_1/sample_1
/path/to/dir/batch_1/sample_2
/path/to/dir/batch_1/...
/path/to/dir/batch_2/sample_1
/path/to/dir/batch_2/sample_2
/path/to/dir/batch_2/...
/path/to/dir/...

Я хочу применить процесс к каждому образцу для данного подмножества пакетов. Один из эффективных подходов - создать канал, в котором перечислены образцы:

path_to_samples= Channel
    .fromPath(['/path/to/dir/batch_2/sample_*',
               '/path/to/dir/batch_322/sample_*'], type: 'dir' )

process my_process{

    input:
    path(sample) from path_to_samples

    """
    do stuff
    """
}

Теперь я хотел бы указать имена пакетов отдельно, и пусть сценарий найдет соответствующие образцы. Что-то подобное:

params.root_dir = '/path/to/dir/'
params.batch_names = Channel.from('batch_2', 'batch_322')

// make samples channel: incorrect
path_to_samples = params.batch_names
                        .map { params.root_dir + it + 'sample_*' }
                        .toPath()

process my_process{

    input:
    path(sample) from path_to_samples

    """
    do stuff
    """
}

Значит, я неправильно думаю о каналах? Есть ли способ сгладить список сэмплов с помощью операций с каналом? Или правильный подход - сделать более сложное замыкание Groovy, которое будет перечислять файлы в каждом каталоге пакета и возвращать его в виде кортежа или списка?


nextflow
person Alexlok    schedule 06.11.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Не уверен, как вы хотите предоставить имена своих входных пакетов, но вы можете создать свой список шаблонов глобусов, используя простое закрытие, а затем использовать их для создания своего входного канала:

params.root_dir = '/path/to/dir'
params.batch_names = /path/to/batch_names.txt'

batch_names = file(params.batch_names)
sample_dirs = batch_names.readLines().collect { "${params.root_dir}/${it}/sample_*" }

samples = Channel.fromPath( sample_dirs, type: 'dir' )

process my_process{

    input:
    path(sample) from samples

    """
    ls -l "${sample}"
    """
}

Однако я был бы склонен просто оставить шаблон входного глобуса в качестве параметра. Этот подход предлагает максимальную гибкость, но может не соответствовать вашему варианту использования:

params.samples = '/path/to/dir/batch_{2,322}/sample_*'

samples = Channel.fromPath( params.samples, type: 'dir' )
person Steve    schedule 07.11.2020
comment
Спасибо! Мне не нравится решение с глобусом в моем случае, поскольку root_dir - это длинный путь, полный случайных строк, а сами имена пакетов на самом деле являются случайными строками; так что это не кажется подходящим для пользовательского ввода. - person Alexlok; 07.11.2020