Матрица (двухмерный массив) и ее значения неправильно записываются в текстовый файл

В вашем коде по-прежнему отсутствует информация, но ваша функция initMatrix() имеет большое количество мелких проблем. Вы используете cols, где rows следует использовать для выделения указателей. Вы не можете проверить какое-либо распределение или пользовательский ввод. Это рецепт неопределенного поведения. Кроме того, вы не предоставляете код для определения того, что такое numberOfMatrices или как объявляется orderedMatricesInfo. С учетом этих предостережений вы можете исправить немедленные ошибки в initMatrix() следующим образом:

int **initMatrix(int rows, int cols)
{
    int matrix[rows][cols];
    int **matrixPointer;

    /* allocate rows number of pointers */
    matrixPointer = malloc (sizeof *matrixPointer * rows);
    if (!matrixPointer) {                           /* validate EVERY allocation */
        perror ("malloc-*matrixPointer");
        return NULL;
    }

    /* you must allocate rows number of cols * sizeof(int) blocks
     * assigning the starting address to each of your allocated pointers.
     * (always use the dereferenced pointer to set type-size)
     */
    for (int i = 0; i < rows; ++i)
    {   /* use calloc on rows to initialize all bytes zero */
        matrixPointer[i] = calloc (sizeof *matrixPointer[i], cols);
        if (!matrixPointer[i]) {                    /* validate EVERY allocation */
            perror ("calloc-matrixPointer[i]");
            while (i--)                             /* on error, free prior memory */
                free (matrixPointer[i]);
            free (matrixPointer);
            return NULL;
        }
    }

    for (int i = 0; i < rows; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < cols; ++j)
        {
            while (1) { /* loop continually until valid integer provided */
                printf ("\nPlease enter element for [%d][%d]: \n", i, j);
                
                /* validate EVERY user-input */
                if (scanf("%d", &matrixPointer[i][j]) == 1)
                    break;
                    
                fputs ("  error: invalid integer input.\n", stderr);
            }
        }
    } 
    
    /* your code does not provide information on the following */
    ++numberOfMatrices;

    orderedMatricesInfo[numberOfMatrices-1][0][0] = rows;
    orderedMatricesInfo[numberOfMatrices-1][0][1] = cols;

    allocateMatrix(rows, cols);     /* why allocate -- that's what you just did?? */

    saveMatrix(matrixPointer, rows, cols);
    
    return matrixPointer;
}

(не проверено, так как ваш код неполный. Код прокомментирован, объясняя дополнения)

Обратите внимание, ваш allocateMatrix(int rows, int cols) просто теряет память. Возврат не назначается какому-либо указателю, поэтому вы потеряли начальный адрес выделенного блока и не можете его освободить.

В любом написанном вами коде, который динамически выделяет память, у вас есть 2 обязанности в отношении любого выделенного блока памяти: (1) всегда сохранять указатель на начальный адрес для блока памяти. память, поэтому (2) ее можно освободить, когда она больше не нужна.

Дайте мне знать, если у вас есть вопросы, и предоставьте минимальный, полный и проверяемый пример (MCVE) для получения дополнительной помощи.

Дополнительная информация об ошибках

Остальная часть вашего кода имеет ту же проблему rows и cols, когда вы пытаетесь выделить cols количество указателей (вместо rows количества указателей). Однако проблема, приведшая к вашему SEGFAULT, была связана с numberOfMatrices и файлом, который вы пытаетесь открыть, не по одному. Это было решено путем обеспечения того, чтобы ваши циклы последовательно индексировали 0 < numberOfMatrices и размещали номер файла с помощью:

    matrixPointer = readMatrix(matrixRows, matrixCols, matrix, matrixNum + 1);

Добавление 1 к matrixNum, переданному readMatrix. Это простой способ сохранить прямую нумерацию. Ваш код записывает и читает файл правильно, но обратите внимание, что вы выполняете добавление к файлу, поэтому вам придется дополнительно работать, чтобы получить доступ к каждой из матриц, хранящихся в вашем выходном файле (вы должны указать количество rows и cols в файл перед записью каждой матрицы, поэтому вы можете прочитать файл обратно, прочитав 2 значения int, чтобы определить размер следующей матрицы, которая остается вам.

Когда он находится, ваша функция отображения будет читать файл, предполагая, что первые целые числа в файле относятся к текущей матрице, что не так. Целочисленные значения, прочитанные для отображения, являются элементами первой матрицы, записанной в файл, которые не будут совпадать с текущими значениями матрицы, если только вы не записываете и не читаете первый набор значений. В противном случае текущие значения матриц содержатся в файле после байтов всех предыдущих матриц, которые были записаны в файл. Более полезным форматом файла будет:

no_matricies rows cols ...... rows cols ......

Где первое записанное целочисленное значение содержит количество матриц, записанных в файл, за которым следуют row, col и .... data для каждой матрицы, что позволит получить доступ ко всем матрицам и позволит обновить первое целочисленное значение в файле без повторного запись всего файла. (это тоже остается на ваше усмотрение)

Ваш очищенный код выглядит следующим образом. Примечание. Я изменил использование вами sprintf и устранил ненужную конкатенацию. Я также упростил копирование из matrix в matrixPointer, используя memcpy():

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <dirent.h>

int numberOfMatrices = 0;
int orderedMatricesInfo[100][1][2];
int matrixRows = 0;
int matrixCols = 0;

int** initMatrix(int rows, int cols);
void saveMatrix(int** matrix, int rows, int cols);
void* allocateMatrix(int rows, int cols);
int** readMatrix(int rows, int cols, int matrix[matrixRows][matrixCols], int matrixNum);
void displayMatrices();
void displayMatrix(int rows, int cols, int** matrix);

int main()
{

    int n, m;
    int** matrixPointer;

    printf("Please enter the number of rows in your matrix: \n");
    if (scanf("%d", &n) != 1) {
        fputs ("error: invalid integer input.\n", stderr);
        return 1;
    }

    printf("Please enter the number of columns in your matrix: \n");
    if (scanf("%d", &m) != 1) {
        fputs ("error: invalid integer input.\n", stderr);
        return 1;
    }

    matrixPointer = initMatrix(n, m);

    // printf("%d\n", matrixPointer[0][0]);

    displayMatrices();

    printf("SUCCESS");
}

int **initMatrix(int rows, int cols)
{
    int **matrixPointer;

    /* allocate rows number of pointers */
    matrixPointer = malloc (sizeof *matrixPointer * rows);
    if (!matrixPointer) {                           /* validate EVERY allocation */
        perror ("malloc-*matrixPointer");
        return NULL;
    }

    /* you must allocate rows number of cols * sizeof(int) blocks
     * assigning the starting address to each of your allocated pointers.
     * (always use the dereferenced pointer to set type-size)
     */
    for (int i = 0; i < rows; ++i)
    {   /* use calloc on rows to initialize all bytes zero */
        matrixPointer[i] = calloc (sizeof *matrixPointer[i], cols);
        if (!matrixPointer[i]) {                    /* validate EVERY allocation */
            perror ("calloc-matrixPointer[i]");
            while (i--)                             /* on error, free prior memory */
                free (matrixPointer[i]);
            free (matrixPointer);
            return NULL;
        }
    }

    for (int i = 0; i < rows; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < cols; ++j)
        {
            while (1) { /* loop continually until valid integer provided */
                printf ("\nPlease enter element for [%d][%d]: \n", i, j);
                
                /* validate EVERY user-input */
                if (scanf("%d", &matrixPointer[i][j]) == 1)
                    break;
                    
                fputs ("  error: invalid integer input.\n", stderr);
            }
        }
    } 
    
    /* move numberOfMatrices++ below the assignment */
    orderedMatricesInfo[numberOfMatrices][0][0] = rows;
    orderedMatricesInfo[numberOfMatrices][0][1] = cols;

    numberOfMatrices++;
    
    // allocateMatrix(rows, cols);     /* why allocate -- that's what you just did?? */

    saveMatrix(matrixPointer, rows, cols);
    
    return matrixPointer;
}

void saveMatrix(int** matrix, int rows, int cols)
{   
    char fullFileName[256];

    sprintf (fullFileName, "matrix-%02d.txt", numberOfMatrices);

    FILE *file = fopen(fullFileName, "ab");
    if (!file) {    /* validate file open for writing */
        perror ("fopen-file");
        return;
    }
    
    for(int i=0; i<rows; ++i)
    {
        fwrite(matrix[i], sizeof *matrix[i], cols, file);
    }
    
    if (fclose(file) == EOF)        /* always validate close after write */
        perror ("fclose-file");
}

void *allocateMatrix(int rows, int cols)
{
    return malloc(sizeof(int[rows][cols]));
}

int **readMatrix(int rows, int cols, int matrix[matrixRows][matrixCols], int matrixNum) 
{
    int **matrixPointer;
    matrixPointer = malloc(sizeof *matrixPointer * rows);   /* rows not cols!! */
    if (!matrixPointer) {                           /* validate EVERY allocation */
        perror ("malloc-*matrixPointer");
        return NULL;
    }

    for (int i =0; i < rows; ++i)                           /* rows not cols!! */
    {
        matrixPointer[i] = calloc (sizeof *matrixPointer[i], cols);
        if (!matrixPointer[i]) {                    /* validate EVERY allocation */
            perror ("calloc-matrixPointer[i]");
            while (i--)                             /* on error, free prior memory */
                free (matrixPointer[i]);
            free (matrixPointer);
            return NULL;
        }
    }

    char fullFileName[256];

    sprintf (fullFileName, "matrix-%02d.txt", matrixNum);

    FILE *file = fopen(fullFileName, "rb");
    
    if (!file) {    /* validate file open for reading */
        perror ("fopen-file");
        for (int i = 0; i < rows; i++)      /* on error free memory */
            free (matrixPointer[i]);
        free (matrixPointer);
        return NULL;
    }
    /* validate EVERY input */
    if (fread (matrix, sizeof(int[rows][cols]), 1, file) < 1) { // read 1 2D-array
        for (int i = 0; i < rows; i++)      /* on error free memory */
            free (matrixPointer[i]);
        free (matrixPointer);
        return NULL;
    }
    
    for (int i = 0; i < rows; ++i)
    {
        memcpy (matrixPointer[i], matrix[i], sizeof *matrixPointer[i] * cols);
        /*
        for (int j = 0; j < cols; ++j)
        {
            matrixPointer[i][j] = matrix[i][j];
            printf("%d", matrixPointer[i][j]);
        }
        */
    }

    // allocateMatrix(rows, cols);  /* not needed */

    return matrixPointer;
}

void displayMatrices()
{
    for (int matrixNum = 0; matrixNum < numberOfMatrices; matrixNum++)
    {
        char fullFileName[256];
        sprintf (fullFileName, "matrix-%02d.txt", numberOfMatrices);
    
        matrixRows = orderedMatricesInfo[matrixNum][0][0];
        matrixCols = orderedMatricesInfo[matrixNum][0][1];

        int matrix[matrixRows][matrixCols];
        int **matrixPointer;

        matrixPointer = readMatrix(matrixRows, matrixCols, matrix, matrixNum + 1);

        displayMatrix(matrixRows, matrixCols, matrixPointer);
    }
}

void displayMatrix(int rows, int cols, int** matrix)
{
    for (int i = 0; i < rows; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < cols; ++j)
        {
            printf (" %2d", matrix[i][j]);
        }
        putchar ('\n');
    }
    putchar ('\n');
}

(примечание: в приведенном выше коде оставлен ряд дополнительных комментариев, а не подробное описание каждого предлагаемого изменения в форме абзаца)

Пример использования/вывода

$ ./bin/write_matrix
Please enter the number of rows in your matrix:
2
Please enter the number of columns in your matrix:
2

Please enter element for [0][0]:
1

Please enter element for [0][1]:
2

Please enter element for [1][0]:
3

Please enter element for [1][1]:
4
  1  2
  3  4

SUCCESS

Просмотрите все и дайте мне знать, если у вас есть дополнительные вопросы.