Mpdboot: предупреждение об устаревании

Я пытаюсь использовать команду mpdboot для запуска 4 процессоров, на которых выполняется моя программа MPI. Я создал файл mpd.hosts с 4 узлами (75, 77, 79 и 80). Каждый из них работает под управлением Python 2.3.4. Я также модифицировал файлы bashrc и cshrc, чтобы переменные содержали путь к каталогу библиотек компилятора. Я также настроил файл mpd.conf и проверил, что он имеет права rw (600).

Я скопировал ниже экран вывода, когда я запускаю mpdboot

[n@heart]$ mpdboot -n 4 -r ssh

:38: Предупреждение об устаревании. Модуль popen2 устарел. Используйте модуль подпроцесса.

пароль n@75:xxx

пароль n@77:xxx

пароль n@79:xxx

пароль n@80:xxx

mpdboot_heart.int (err_exit 526): mpd не удалось правильно запустить на файле heart.int

причина: 0: неверный порт из mpd /opt/intel/mpi/2.0/bin/mpd.py:85: DeprecationWarning: модуль md5 устарел; вместо этого используйте hashlib

Убит


ЧАСТЬ 2:

Я также зашел на один из узлов и попытался запустить mpdboot. Вот результат, сделав это

[n@79 ~]$ mpdboot -n 4 -r ssh

пароль n@75:xxx

пароль n@77:xxx

пароль n@79:xxx

пароль n@80:xxx

mpdboot_79_0 (mpdboot 499): обнаружена проблема при запуске mpd(boot) на 1 75; выход:

Разрешение отклонено, попробуйте еще раз.

Пароль пользователя n@75: Отказано в доступе. Повторите попытку.

пароль пользователя n@77: mpdboot_79_0 (mpdboot 515): обнаружена проблема при запуске mpd(boot) на 2 77; выход:

Разрешение отклонено, попробуйте еще раз.

Отказано в доступе (публичный ключ, gssapi-с-микрофоном, пароль).

Пароль пользователя n@77: Отказано в доступе. Повторите попытку.

Отказано в доступе (публичный ключ, gssapi-с-микрофоном, пароль).


Как мне поступить в этом вопросе?


person Ashmohan    schedule 06.07.2011    source источник


Ответы (2)


Несколько моментов:

  1. Вы действительно не хочу больше использовать MPD. Этот менеджер процессов устарел и заменен менеджером процессов Hydra.
  2. Вы должны использовать старую версию MPD (старая версия MPICH2), потому что, насколько мне известно, все эти предупреждения об устаревании были исправлены в выпуске 1.1. Я сомневаюсь, что вы на самом деле используете Python 2.3.4, потому что я думаю, что эти предупреждения были добавлены в Python версии 2.6.
  3. Что касается «ЧАСТИ 2», у вас плохая конфигурация ssh. Вам нужно убедиться, что ssh без пароля (с ключами ssh) работает корректно между всеми хостами. Это будет необходимо, даже если вы переключитесь на диспетчер процессов Hydra, хотя в этом случае вы можете получить более приятное сообщение об ошибке.
person Dave Goodell    schedule 06.07.2011
comment
Спасибо, Дэйв. Когда я это делаю, ssh ‹nodename› python -V, это дает мне 2.3.4. Кроме того, что касается вышеупомянутой проблемы, может ли это быть проблемой с тем, как я связываю свои файлы iccvars.sh, bashrc или cshrc? Я мог бы опубликовать их содержимое и путь, если это может быть полезно, чтобы пролить свет. - person Ashmohan; 06.07.2011
comment
Попробуйте выполнить обновление до текущей версии. MPICH2 (1.4) и с использованием гидр. Это позволит полностью избежать проблем с Python и MPD (больше не будет шага mpdboot). Однако вам все равно нужно будет решить проблему с ssh без пароля. - person Dave Goodell; 06.07.2011
comment
Большой! Благодарю вас! Итак, как только я это сделаю... какой следующий шаг? У меня есть приложение MPI для запуска. Я протестировал его на одном узле с 4 процессорами. Я использую команду mpirun для отправки своей работы. Все эти усилия заключались в том, что я пытался использовать больше узлов... Следовательно, после установки MPICH (1.4), о чем мне нужно позаботиться, прежде чем отправлять задание? - person Ashmohan; 06.07.2011
comment
Я нашел документацию на вашем веб-сайте и планирую работать с ней. Существуют ли какие-либо системные требования для установки MPICH(1.4)? В настоящее время мы используем Centos 5.5 с Python 2.4.3, и на нем установлен OpenMPI 1.4.3. - person Ashmohan; 06.07.2011
comment
Ваша система звучит нормально для установки MPICH2. Если у вас нет компилятора fortran, вам может понадобиться передать --disable-f77 --disable-fc для настройки. А еще лучше попробуйте установить бинарный пакет, если он доступен для Centos 5.5. - person Dave Goodell; 07.07.2011

Совместим ли mpdboot с такой версией Python? Это совершенно устарело, я даже не знал, что остался хоть какой-то дистрибутив, который все еще поставлял 2.3. Вы пробовали с 2.7?

person Daenyth    schedule 06.07.2011
comment
Как проверить совместимость? Я работаю с руководством по началу работы с библиотекой Intel MPI для ОС Linux *, и в нем говорится, что я должен убедиться, что установлена ​​​​версия Python 2.2 или выше. Те, которые я сейчас установил, это 2.3.4. - person Ashmohan; 06.07.2011
comment
@Ashmohan: кажется, это говорит о том, что он поддерживается. На этом этапе вы должны посмотреть на свой код и проверить его на наличие ошибок. Предупреждения об устаревании (в основном) безвредны — они просто означают, что функция, которую вы вызываете, может быть удалена в будущих версиях. - person Daenyth; 06.07.2011