сравните, приводят ли два файла python к одному и тому же байтовому коду (идентичен ли код)

Вы можете попробовать использовать внутреннюю функцию Python compile, которая может скомпилироваться из строки (в вашем случае читать из файла). Например, компиляция и сравнение результирующих объектов кода из двух эквивалентных программ и одной почти эквивалентной программы, а затем просто для демонстрационных целей (чего вам не хотелось бы делать) выполнение нескольких объектов кода:

import hashlib
import marshal
​
​
def compute_hash(code):
    code_bytes = marshal.dumps(code)
    code_hash = hashlib.sha1(code_bytes).hexdigest()
    return code_hash
​
​
source1 = """x = 3
y = 4
z = x * y
print(z)
"""
source2 = "x=3;y=4;z=x*y;print(z)"
​
source3 = "a=3;y=4;z=a*y;print(z)"
​
obj1 = compile(source=source1, filename='<string>', mode='exec', dont_inherit=1)
obj2 = compile(source=source2, filename='<string>', mode='exec', dont_inherit=1)
obj3 = compile(source=source3, filename='<string>', mode='exec', dont_inherit=1)
​
print(obj1 == obj2)
print(obj1 == obj3)
​
exec(obj1)
exec(obj3)
print(compute_hash(obj1))

Отпечатки:

True
False
12
12
48632a1b64357e9d09d19e765d3dc6863ee67ab9

Это избавит вас от необходимости копировать py-файлы, создавать pyc-файлы, сравнивать pyc-файлы и т. д.

Примечание.

Функция compute_hash нужна, если вам нужна хеш-функция, которая повторяема, т. е. многократно возвращает одно и то же значение для одного и того же объекта кода при вычислении в последовательных запусках программы.

Возможно, это не желаемый ответ, но почему бы вам не использовать инструмент сравнения для сравнения, если файлы изменены? https://linuxhandbook.com/diff-command/

И если файлы изменены, используйте инструмент слияния, такой как meld, чтобы сравнить изменения http://meldmerge.org/