Я на полпути к реализации своего университетского проекта, и у меня возникла проблема. У меня есть длинный список из примерно 1000 белков, которые я хотел проанализировать в STRING, однако мой список слишком велик. Я решил попробовать использовать Cytoscape (и загрузил stringApp), но созданные сети по-прежнему очень беспорядочные. Я приложил сюда снимок экрана. Есть ли способ улучшить представление сети, загрузив какие-либо приложения Cytoscape или изменив настройки?
заранее спасибо
Что ж, краткий ответ - нет. Чуть более длинный ответ - это зависит от обстоятельств.
Показывать комок шерсти обычно бесполезно, поэтому вам нужно немного улучшить ситуацию. Каков ваш источник данных (т.е. откуда взялись 1000 белков)? Что вы надеетесь увидеть в сети? Если вы ищете определенные группы белков (например, комплексы), вы, вероятно, захотите сначала использовать MCL для их кластеризации. Если у вас есть другие данные, которые вы хотите сопоставить, такие как транскриптомные или протеомные данные, вы можете уточнить свою сеть на основе значений кратности или численности.
Все это, как говорится, вы можете попробовать. Во-первых, вы видите быструю версию сети. Попробуйте нажать кнопку «Показать детали графики» (ромб на панели инструментов просмотра сети). Это даст вам полную информацию о графике. Во-вторых, вы можете попробовать немного расширить сеть с помощью инструментов «Макет-› Макет ». Отключите параметр «Только выбранное», а затем отрегулируйте масштаб. Наконец, в зависимости от вашего биологического вопроса, вы можете захотеть удалить белки, которые присутствуют только в ядре или цитоплазме или только в легочной ткани. Все это возможно с помощью ползунков, предоставляемых панелью результатов stringApp.
-- самокат
