Преобразование формата .mhd в формат .nii для нескольких файлов код выполняется без ошибок, но преобразование не выполняется

Я использую набор данных slover07, и моя задача - преобразовать изображения формата.mhd в формат .nii. Следуя ответу Данные медицинской визуализации - как конвертировать .raw / mhd в Nifti / nii, мне удалось преобразовать его для одного изображения, но теперь, когда я применяю его для нескольких изображений, он не конвертируется.

Структура файлового модуля такова:

  • scan
    • file1.mhd
    • file2.mhd

Мой код:

import glob
my_path='/content/drive/MyDrive/Datasets/sliver07/sliver07-training-scans/scan/'
files=glob.glob(my_path+'*.mhd')

# Scan from train
import SimpleITK as sitk
out = '/content/drive/MyDrive/Datasets/sliver07/sliver07-training-scans/trial/'

for i in range(len(files)):
        img = sitk.ReadImage(files[i]) 
        sitk.WriteImage(img, out + files[i] + '.nii')

Но код выполняется без ошибок, но преобразование еще не выполнено. Что должно быть не так?


python loops image-preprocessing medical-imaging nifti
person AMANDEEP KAUR    schedule 15.07.2021    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Понятно! Путь был неправильным

# Scan from train
  import SimpleITK as sitk
   out = '/content/drive/MyDrive/Datasets/sliver07/sliver07-training-scans/trial/'

  for i in range(len(files)):
       img = sitk.ReadImage(files[i]) 
       sitk.WriteImage(img,  files[i].replace('.mhd','.nii'))
person AMANDEEP KAUR    schedule 15.07.2021