Ошибка выделения базы данных BLAST

Я задал этот вопрос о биоинформатической версии stackexchange, но, поскольку я считаю, что это проблема компьютера, я подумал, что мне стоит попытать счастья здесь.

При запуске локального BLAST (v2.2.24 +) в большой базе данных (все человеческие белки) я получаю следующую ошибку:

proteinsApplicationError: Command 'blast-2.2.24+/bin/blastp.exe -query "query.fasta" -
db "human-proteins.fasta" -out blastOutput.xml -evalue 0.01 -outfmt 5'       
returned     non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: 
While mapping file [human-proteins.fasta.psq] with 5550749 bytes allocated, caught 
exception:'

При поиске в Google я получил только исходный код seqdbatlas: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp, в котором Я нашел:

1214         if (expt.length()) {
1215             // For now, if I can't memory map the file, I'll revert to
1216             // the old way: malloc a chunk of core and copy the data
1217             // into it.
1218             
1219             if (expt.find(": Cannot allocate memory") == expt.npos) {
1220                 expt = string("CSeqDBAtlas::MapMmap: While mapping file [") + 
                 (*m_Fname) + "] with " +
1221                     NStr::UInt8ToString(atlas->GetCurrentAllocationTotal()) +
1222                     " bytes allocated, caught exception:" + expt;
1223                 
1224                 SeqDB_ThrowException(CSeqDBException::eFileErr, expt);
1225             }
1226         }

Мои знания C ++ ограничены, но из этого я понял, что на ПК недостаточно памяти для запуска BLAST с таким размером базы данных. Это правильно, и если да, есть ли способ запустить этот BLAST, не получая компьютер с большей памятью? Если это неверно, в чем заключается ошибка?

Заранее спасибо, Ник


person Niek de Klein    schedule 22.09.2011    source источник


Ответы (1)


Исправлено, разбив файл запроса на две части и использовав Blast 2.2.25 вместо 2.2.24.

person Niek de Klein    schedule 02.10.2011