У меня есть следующая диаграмма Circos, которую я представил как файл SVG, а затем преобразовал в PNG, для целей иллюстрации:
Текстовые метки, окружающие внешний обод, правильно ориентированы от 12 часов до 9 часов, ориентированы наружу, в сторону от серых дуг.
Между 9 и 12 текстовые метки ориентированы внутрь, перекрывая серую дугу. Это не ожидается.
Вот крупный план, чтобы прояснить вопрос:
Если я вывожу PNG из Circos вместо SVG, метки рисуются правильно, но тогда я теряю возможность размечать фигуру SVG в векторном формате в Adobe Illustrator или Inkscape. Поэтому мне нужен вывод SVG.
Вот фрагмент файла circos.conf
, связанный с добавлением ярлыков:
<image>
dir = /tmp
file = circos.png
png = yes
radius = 3000p
background = white
angle_offset = -176
</image>
...
<plots>
<plot>
type = text
color = black
file = factorList.txt
r0 = 1r
r1 = 1r+200p
label_size = 12p
label_font = condensedbold
padding = 0p
rpadding = 0p
label_snuggle = yes
max_snuggle_distance = 1r
snuggle_sampling = 2
snuggle_tolerance = 0.25r
snuggle_link_overlap_test = yes
snuggle_link_overlap_tolerance = 2p
snuggle_refine = yes
</plot>
</plots>
Я не уверен, какие другие варианты я могу применить, чтобы попытаться решить эту проблему. Мой вопрос: что мне попробовать в этом или другом файле конфигурации, который исправляет вывод SVG? Спасибо за совет.