Как исправить неправильное размещение текста в Circos SVG?

У меня есть следующая диаграмма Circos, которую я представил как файл SVG, а затем преобразовал в PNG, для целей иллюстрации:

Круговая диаграмма

Текстовые метки, окружающие внешний обод, правильно ориентированы от 12 часов до 9 часов, ориентированы наружу, в сторону от серых дуг.

Между 9 и 12 текстовые метки ориентированы внутрь, перекрывая серую дугу. Это не ожидается.

Вот крупный план, чтобы прояснить вопрос:

введите здесь описание изображения

Если я вывожу PNG из Circos вместо SVG, метки рисуются правильно, но тогда я теряю возможность размечать фигуру SVG в векторном формате в Adobe Illustrator или Inkscape. Поэтому мне нужен вывод SVG.

Вот фрагмент файла circos.conf, связанный с добавлением ярлыков:

<image>
dir = /tmp
file = circos.png
png = yes
radius = 3000p
background = white
angle_offset = -176
</image>

...

<plots>
<plot>
type                           = text
color                          = black
file                           = factorList.txt
r0                             = 1r
r1                             = 1r+200p
label_size                     = 12p
label_font                     = condensedbold
padding                        = 0p
rpadding                       = 0p
label_snuggle                  = yes
max_snuggle_distance           = 1r
snuggle_sampling               = 2
snuggle_tolerance              = 0.25r
snuggle_link_overlap_test      = yes 
snuggle_link_overlap_tolerance = 2p
snuggle_refine                 = yes
</plot>
</plots>

Я не уверен, какие другие варианты я могу применить, чтобы попытаться решить эту проблему. Мой вопрос: что мне попробовать в этом или другом файле конфигурации, который исправляет вывод SVG? Спасибо за совет.


person Alex Reynolds    schedule 13.12.2011    source источник
comment
Предоставьте достаточно информации, чтобы можно было воспроизвести проблему в собственной системе. Укажите на некоторые входные данные и расскажите, как вы вызываете программу в командной строке.   -  person daxim    schedule 13.12.2011
comment
Вместо того, чтобы «исправлять» circos для правильного вывода SVG, есть ли возможность постобработать SVG, чтобы найти и повернуть неправильно повернутые элементы?   -  person Phrogz    schedule 13.12.2011
comment
@daxim: Спасибо за предложение помощи, но, поскольку задействовано несколько файлов конфигурации и данных, на этот вопрос, вероятно, легче ответить людям, которые немного знакомы с Circos.   -  person Alex Reynolds    schedule 14.12.2011


Ответы (1)


Может быть, вы можете попробовать этот вариант:

label_rotate = no

И я думаю, что макет выше вызван опцией snuggle, а также проверьте свой файл конфигурации и убедитесь, что все "r0" и "r1" plot(type=text) больше, чем 1r .

Вот пример цирковых уроков

person Gentle Yang    schedule 11.01.2012
comment
Лучший способ решить эту проблему — присоединиться к списку рассылки circos groups.google.com/group/circos-data-visualization. Там Мартин и пользователи circos помогут вам напрямую. - person Gentle Yang; 12.03.2012