Я хотел бы объединить две командные строки в одну, чтобы избежать промежуточных файлов. workdir: "/path/to/workdir/" rule all: input: "my.filtered.vcf.gz" rule bedtools: input: invcf="/path/to/my.vcf.gz",...

Я пытаюсь сжать и проиндексировать файл VCF и столкнулся с несколькими проблемами. Когда я использую bgzip/tabix, он выдает ошибку о том, что его невозможно проиндексировать из-за некоторых несортированных значений. # code used to bgzip...

Я добавляю новые файлы vcf в ранее созданный файл bcf, в котором поле ID в VCF было установлено на CHR:POS:POS:REF:ALT ? Как установить поле ID в VCF на CHR:POS:POS:REF:ALT ?

У меня есть набор данных 1000 G в формате PLINK, есть несколько snps с именами как "." , можно ли в PLINK удалить эти snps? Я попробовал представление bcftool, которое работает неправильно.

Я установил bioconda, следуя инструкциям на странице https://bioconda.github.io/user/install.html#set-up-channels . Затем я попытался conda install bwa conda install bcftools conda install plink2 Все нормально установили. Однако, когда я...