Я задал этот вопрос о биоинформатической версии stackexchange, но, поскольку я считаю, что это проблема компьютера, я подумал, что мне стоит попытать счастья здесь. При запуске локального BLAST (v2.2.24 +) в большой базе данных (все человеческие...

Я использую автономную программу BLAST, для которой у меня есть последовательность запросов вместе с локально созданной базой данных. Поскольку в выходном файле есть что-то под названием %identity, которое идентифицирует точные совпадения символов,...

У меня есть взрывной вывод, и я хотел бы получить обратное наилучшее попадание, т. е. найти наилучшее попадание, убедившись, что запрос является лучшим совпадением по ссылке, и наоборот, на основе значений из столбцов 3 и 11 (для порога столбца 3> 40...

Я пытаюсь запустить qblast из командной строки Python, и после импорта всех необходимых мне библиотек Python не может найти мой файл: >>> record = SeqIO.read(open("sinchimeras_1.fasta"), format="fasta") Traceback (most recent call last):...

Мне нужно найти последовательность ДНК или белка (запрос), которая не может дать никаких результатов с помощью Blast. В то же время это должно дать результат, когда я помещаю его в инструмент FASTA. Что я могу искать?

Я хотел бы ВЗРЫВ несколько последовательностей Получить первые 100 обращений или около того из каждого запроса Объединение загруженных последовательностей Удалить дубликаты Как я могу сделать это в BioPython?

Я пытаюсь создать сценарий для сравнения моих фаста-файлов из пиросеквенирования с базой данных нуклеотидов GenBank, следуя Учебнику и поваренной книге Biopython ( Глава 7 ). Во время выполнения процесса в подсказке отображается следующее...

я имею в виду эту ссылку: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ , чтобы попробовать быстрый поиск на одной машине. Я скачал приложение blast и базу данных refseq_rna blast с веб-сайта NCBI. Взрывной поиск занимает всего несколько секунд,...

from Bio.Blast import NCBIXML from Bio.Blast import NCBIWWW result_handle = NCBIWWW.qblast( "blastn", "nr", "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC", entrez_query='"Beutenbergia cavernae DSM 12333" [Organism]')...

Я пытаюсь создать взрыв, при котором при попадании в определенный объект объекты в ближайшем радиусе также уничтожаются. Например, в игре с разбиванием кирпичей мяч попадает в кирпич, а затем кирпич взрывается, но также взрывает 2 кирпича во всех...

Я использую модуль Biopython module NCBIWWW, чтобы запустить некоторые последовательности онлайн. Я хотел бы сравнить свои последовательности с различными доступными базами данных, однако я не могу найти их полный список. Вот пример простого...

Имея следующие blastout.txt : blastout.txt Мне нужно найти все строки, содержащие Identities = [>=50] и напечатайте одну строку выше, содержащую Query= напечатать 5-ю строку ниже пример вывода (здесь показаны только первые...

У меня есть выходной файл BLAST outfmt 6 в стандартном формате, я хочу найти способ просмотреть файл, выбрать каждое попадание, найти его ответное попадание и расшифровать, какое попадание лучше всего хранить. Например: d = {} for line in...