Вопросы по теме 'imagej'
Скрытие элементов интерфейса ImageJ
Я работаю над проектом, предусматривающим привлечение большого количества относительно неквалифицированных рабочих для выполнения анализа повторяющихся изображений с использованием ImageJ . Я написал набор макросов, которые проводят их через...
500 просмотров
schedule
23.09.2021
Свертка изображения с ядром товарного вагона в jython для Фиджи
Я пытаюсь выполнить некоторую обработку изображений на Фиджи с помощью jython, и у меня возникли проблемы. Я пытаюсь разработать плагин, в котором изображение сворачивается ядром товарного вагона. Записав макрос, я получаю следующее, которое можно...
403 просмотров
schedule
03.10.2021
Проблемы с макросом waitForUser из плагина ImageJ
Я разрабатываю плагин ImageJ для анализа изображений. У меня есть серия макросов, которые я хотел бы запустить из плагина.
С использованием
new Macro_Runner().runMacroFromJar("macro.txt", "macro title");
Я могу вызывать каждый макрос из...
407 просмотров
schedule
18.11.2021
ImageJ: Как поместить названия меток в таблицу результатов, созданную ROI Manager
Я использую ImageJ для измерения длины различных частей биологического организма. Я рисую прямую или сегментированную линию поверх изображения, добавляю линию в ROI Manager и задаю ей имя (переименовываю стандартное имя метки). Проведя несколько...
6440 просмотров
schedule
20.10.2021
Как увеличить ROI макроса imagej
Я хотел бы увеличить несколько роа следующим циклом:
counts=roiManager("count");
for(i=0; i<counts; i++) {
roiManager("Select", i);
run("Enlarge...", "enlarge=10");
}
Однако я не могу понять, что не так с этим макросом.
2238 просмотров
schedule
30.09.2021
Как вывести интенсивность каждой точки с помощью imageJ?
Я хочу яркость каждой точки изображения, какую функцию я должен вызвать? Скажем, пиксели моего изображения 125 x 125, мне нужна интенсивность от (0,0) до (125,125), есть ли функция, чтобы я дал координату, она вернет мне такую интенсивность...
530 просмотров
schedule
07.09.2021
Создание файла TIFF с накоплением приводит к смещению изображения
У меня есть программа обработки изображений, результаты которой нужно сохранить в сложенный файл TIFF. Код для этого метода приведен ниже. Когда результирующее изображение открывается в ImageJ, оно выдает уведомление «Неожиданное смещение...
348 просмотров
schedule
22.10.2021
Найдите количество пятен на зашумленном изображении
Я хочу автоматически подсчитывать количество пятен на этом типе изображения, где пятна расположены очень близко друг к другу, так что многие из них рассматриваются как одно пятно:
Я подумал об использовании функции / алгоритма локальных...
779 просмотров
schedule
21.11.2021
Стек изображений ImageJ сдвинут
Я сделал изображения клеток с помощью конфокального микроскопа. Когда размер файла большой, стек изображений начинает смещаться вниз на более позднем этапе. Сдвинутое изображение просто повторяет предыдущие изображения. Стек изображений в порядке,...
96 просмотров
schedule
04.11.2021
ImageJ Script: как добавить одно изображение к существующему изображению
На Фиджи (ImageJ) у меня открыто два изображения (Img1 и Img2). Я хочу запустить сценарий, который добавляет оба изображения и сохраняет результат в Img1. Я собираюсь сделать это в последовательности изображений, поэтому я хотел бы попытаться...
869 просмотров
schedule
08.10.2021
Исключение при запуске Fiji / ImageJ с Python
Я хочу написать код на Python, который будет использоваться для управления данными на Фиджи. Я выполнил инструкции по установке библиотеки imagej, чтобы получить доступ к Фиджи через Anaconda-Python. Вот как выглядят две строчки:
import imagej...
63 просмотров
schedule
02.10.2021
Как исправить ошибку TypeError: объект intancemethod является неописуемой ошибкой в Python / Fiji
Я пытаюсь заставить Фиджи запустить функцию контрастирования на наборе изображений для анализа. но всякий раз, когда я пытаюсь запустить файл, я получаю сообщение об ошибке, когда пытаюсь проиндексировать объект гистограммы. Предполагается, что...
80 просмотров
schedule
04.11.2021
Результат пороговой обработки изображений HSV отличается от ImageJ и OpenCV
Моя проблема в том, что я хотел бы порог изображения HSV, благодаря функции OpenCV inRange. Чтобы найти свой диапазон оттенков, я использую ImageJ. Я загрузил свое изображение после того, как изменил его с RGB на HSV, и установил порог вручную. Мое...
374 просмотров
schedule
10.09.2021
Используйте ImageJ для запуска скрипта Python с параметрами
Этот вопрос является продолжением
Запуск сценария Jython из терминала с параметром
@KarlderKaefer
Вкратце, я хотел бы вызвать ImageJ из командной строки для выполнения скриптов Python, которые принимают параметры в качестве входных...
159 просмотров
schedule
06.10.2021
Разные результаты с приложением и кодом в ImageJ
Моя проблема возникла, когда я попытался запустить анализ изображения с помощью ImageJ и попытаться рассчитать пористость.
Я записал макросы и выполнил ту же процедуру в java. Результаты этих двух казней отличаются, и я не знаю, почему. Не могли...
742 просмотров
schedule
24.02.2022
Стеки наложения ImageJ
В основном то, чего я пытаюсь добиться, - это наложение одного стека на другой в слое, который может отображаться или нет. Я знаю, что можно накладывать 2D-изображения, но есть ли функция наложения стеков.
У меня есть стопка в формате .raw,...
7872 просмотров
schedule
05.03.2022
Matlab открывает только первый кадр многостраничного стека TIFF
Я создал многостраничные файлы tiff с помощью макроса в ImageJ, и теперь я пытаюсь открыть его с помощью Matlab, но я могу получить доступ только к первому кадру.
Вот результат imfinfo(имя файла). Соответственно, я получаю...
6942 просмотров
schedule
11.03.2022
как управлять ImageJ из Python 3.4.2
Я пытаюсь использовать Python 3.4.2 для управления ImageJ
то, что я хочу сделать, это код Python , Я хочу отправить заказы в imageJ для анализа некоторых изображений , обнаруживая края, контраст, шум и т. д., здесь есть аналогичный вопрос Как...
1803 просмотров
schedule
19.03.2022
Открытие файлов .im (данные nanoSIMS) на FIJI с помощью макроса
Я ищу команду макроса для открытия файлов .im в FIJI.
Поскольку FIJI не поддерживает формат .im, для него требуется плагин под названием OpenMIMS, а простые строки:
run("Open MIMS Image");
open(" directory ");
выдаст сообщение об ошибке:...
215 просмотров
schedule
26.04.2022
Быстрый способ манипулировать каждым пикселем из ImagePlus
Здравствуйте, мне нужно получить доступ к каждому пикселю ImagePlus для анализа изображения.
Из-за огромного количества изображений, которые необходимо обработать, мне было интересно, существуют ли специальные эффективные способы/методы для доступа...
279 просмотров
schedule
08.05.2022
