Я создал карту контактов, используя matplotlib в wxpython, теперь я хочу установить «соединение» с pyMOL. я хочу, чтобы моя программа была похожа на CM-View, где, когда вы наводите курсор на точки на карте контактов, она показывает 2 контакта на...

Я пытаюсь нарисовать структуру белка из файла pdb, используя pymol. Однако, когда я пытаюсь запустить приведенный ниже скрипт, открывается окно pymol, но оно просто черное как смоль. Также, как ни странно, файл pdb выводится в оболочку. Вот мой...

Я хочу создать лактамный мостик (пептидную связь) между двумя остатками через их боковые цепи, начиная с исходной пептидной последовательности (файл pdb). Я использовал две функции из PYMOL «связь» и «предохранитель», чтобы сформировать эту связь....

Я пытаюсь установить pymol на Centos 6.5. После запуска setup.sh все в порядке. Но когда я запускаю pymol, я получаю эту ошибку: /opt/pymol/pymol.exe: ошибка при загрузке общих библиотек: libGLU.so.1: невозможно открыть файл общего объекта: нет...

Я хочу знать вектор положения некоторых атомов в пимоле. Я могу рассчитать расстояния, но вместо этого мне нужен вектор положения. Как я могу получить атомную координату относительно некоторой определенной системы координат? Предположим, что есть...

Я немного боролся с тем, чтобы определенные (скажем, лиганды или кофакторы) выделялись из молекул, так же, как вы выбираете слои в фотошопе. Как я могу выбрать определенные объекты или аминокислоты, чтобы они были перед всеми остальными слоями....

Я пытаюсь загрузить файл mrc, создать его карту, а затем сохранить изображение, проблема в том, что он сохраняет только пустое изображение, код, который я запускаю, следующий: from pymol import cmd cmd.load('./6vof.mrc', ' 6vof') cmd.volume( '6vof...

Я хочу, чтобы скрипт PyMOL автоматически рисовал облигации для данной структуры, например. между всеми атомами палладия или между всеми атомами палладия и серы. Я могу сделать это вручную командой bond , но нужно знать идентификаторы атомов:...