Я пытаюсь установить samtools () на cygwin. Я выполнил различные уловки здесь и здесь , но похоже, что моя проблема в том, что я не могу работать pthread . gcc установлен и работает, zlib установлен и работает, а ncurses установлен и...

Я пытаюсь сжать и проиндексировать файл VCF и столкнулся с несколькими проблемами. Когда я использую bgzip/tabix, он выдает ошибку о том, что его невозможно проиндексировать из-за некоторых несортированных значений. # code used to bgzip...

Относительный новичок в unix. У меня есть несколько каталогов ( Sample*/ ), в которых я хочу объединить все файлы raw.sort.bam с помощью samtools. У меня есть рабочий код для этого в каждом каталоге, но я хочу работать со всеми каталогами...

Я немного новичок в Perl и хочу использовать его для извлечения операций чтения определенной длины из моего файла BAM (выравнивания). Файл BAM содержит риды длиной от 19 до 29 нт. Вот пример первых двух чтений:...

Я пытаюсь объединить x количество файлов BAM, созданных путем одновременного выполнения нескольких выравниваний (для пакетов y количества файлов fastq) в один единственный файл BAM в Nextflow. Пока что при выполнении выравнивания и сортировки /...