Я делаю это руководство , которое Речь идет о написании сценариев в VMD с использованием TCL. Что означает « .r » в simdata($i.r) в 7-й точке шага 5?

Недавно я перешел с Linux на Mac OS. Я установил vmd на эту новую машину. VMD просто загружается без какой-либо молекулы, когда я набираю следующее: vmd protein.gro Этот файл * .gro содержит молекулу белка. Я хочу открыть этот файл, как в...

Я попытался запустить следующий сценарий Tcl и получил ошибку: wrong # args: should be "set varName ?newValue?" Что это значит? Примечание: сценарий включает термины, относящиеся к программе VMD. set dir plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0...

Привет всем, для программы, над которой я работаю, она использует файлы pdb (банк данных белков) и вычисляет расстояние между всеми атомами друг от друга. У меня есть код, который делает это, однако мои персональные и рабочие компьютеры не имеют...

Всякий раз, когда я запускаю функцию rmsd_residue_over_time из сценария residue_rmsd.tcl из учебника UI VMD/NAMD, она возвращает ошибку «атомы не выбраны». В частности, после загрузки моего файла psf и 20000 кадров моего файла dcd я ввожу...

Я пытаюсь написать файл, используя сценарии tcl (через VMD). когда я набираю команду dir на консоли tk/tcl, она показывает имя файла, который я пытаюсь сгенерировать. Но когда я попытался открыть этот файл вручную в этой папке рабочего каталога, он...