Как воспроизвести график доверительного интервала?

Мне нужно воспроизвести график, похожий на прикрепленное изображение. Я надеюсь использовать график для сравнения доверительных интервалов разницы между пропорциями. Как я могу создать прикрепленную графику с помощью R? Будем признательны за любые указатели в правильном направлении.

введите описание изображения здесь


person Borealis    schedule 08.12.2012    source источник
comment
этот вопрос кажется слишком расплывчатым. Хотите что-нибудь сделать с количественными данными? В противном случае вы ищете ?arrows, ?rect, ...? или ?confint? или ?binom.test?   -  person Ben Bolker    schedule 08.12.2012
comment
Лучше задать вопрос, если бы вы попытались это сделать, и по пути столкнулись с конкретной проблемой.   -  person joran    schedule 08.12.2012
comment
@Aaron: Я думаю, вы обнаружите, что энергичные ответы ожидают, что вы предоставите набор данных в R-коде, прежде чем они погрузятся и попытаются спасти вас от бурлящих вод, которые мучают R-нубов. Многие из нас думают, что отказавшись от всего вашего проекта, вы просите слишком многого.   -  person IRTFM    schedule 08.12.2012
comment
Классный вопрос, ждем данных. stackoverflow.com/ questions / 5963269 /   -  person Brandon Bertelsen    schedule 08.12.2012


Ответы (2)


Без контекста и воспроизводимого примера трудно дать хороший ответ. Но думаю, сюжет интересный.

Вот моя попытка с ggplot2. У меня все еще есть проблема с альфа-слоем, но основная идея сюжета здесь.

Некоторые данные

structure(list(scen = 1:6, 
               name = c("I", "II", "III", "IV", "V","VI"), 
               ymin = c(0.06, -0.102, 0.487, 0.116, -0.436, 0.021), 
               ymax = c(-0.231,0.135, 0.117, 0.338, -0.347, -0.025)), 
          .Names = c("scen", "name", "ymin", "ymax"), 
          row.names = c(NA, 6L), 
          class = "data.frame")

Данные выглядят так

Дат

  scen name   ymin   ymax   y
1    1    I  0.060 -0.231   I
2    2   II -0.102  0.135  II
3    3  III  0.487  0.117 III
4    4   IV  0.116  0.338  IV
5    5    V -0.436 -0.347   V
6    6   VI  0.021 -0.025  VI

Вот результат

введите описание изображения здесь

theme_new <- theme_set(theme_bw())
p <- ggplot(data=dat) +
  geom_segment(aes(x=ymin,y=scen,xend=ymax,yend=scen),
               arrow=arrow(length=unit(0.3,"cm"),
                           ends='both'),size=1) 

p <- p+  geom_rect(xmin=max(dat$ymin)/2,
                    xmax=min(dat$ymax)/2,
                    ymin=0,
                    ymax=max(dat$scen)+1,
                    alpha=0.2,fill='grey')

p <- p + geom_text(aes(x=(ymin+ymax)/2,
                       y=scen+0.2,label =name),size=6)

p<- p + coord_cartesian(ylim=c(0,max(dat$scen)+3))+
  xlab(expression(P[1]-P[0]))+
  theme( 
    axis.ticks = element_blank(),
    axis.text.y = element_blank(),
    axis.text.x = element_blank(),
    axis.title.x = element_text(face="bold",  size=20))

p <- p + geom_vline(linetype   ='dashed',
                    xintercept = mid.dash)

p <- p + geom_text(aes(x= mid.dash,
                       y = max(dat$scen)+2, 
                       label="Zone of Indifference", 
                       color="NA*"),rotate=180)
p <- p + theme(legend.position = "none")

p

person agstudy    schedule 08.12.2012
comment
[po] и т. д. должны находиться вне кавычек. например "hi",beta[0],"bye" если это помогает OP - person user1317221_G; 08.12.2012
comment
@agstudy Этот ответ выходит за рамки - спасибо. Я обязательно смогу использовать этот подход с моим собственным набором данных. - person Borealis; 08.12.2012
comment
+10 за старания! очень хорошо - person Ricardo Saporta; 09.12.2012
comment
Отличный ответ. Изменение порядка, в котором вы делаете слои, «исправит» альфа-проблему (если я правильно понимаю, что вы имеете в виду): распечатайте слой со стрелкой после того, как вы сделаете слой «зона безразличия»: ваш первый geom_segment() после вашего первого geom_rect() . (Я уверен, вы знаете, что теперь этот ответ от ... 2012 года!) - person PatrickT; 28.03.2018
comment
@PatrickT, спасибо. Да, я знаю это, конечно. Заполните поле, чтобы изменить ответ, если хотите улучшить его. - person agstudy; 28.03.2018
comment
@agstudy, я закончил тем, что опубликовал дополнительный ответ, так как самые важные правки были незначительными, а остальные просто дурачились, пытаясь воспроизвести рисунок из учебника, с лишь частичным успехом (фигурная скобка - серьезный сбой, шрифт P1- P0 тоже не очень хорошо). Я должен был использовать _1 _... - person PatrickT; 28.03.2018

Это продолжение ответа agstudy (пожалуйста, проголосуйте за его ответ). Это было слишком долго для комментария и слишком необычно, чтобы оправдать мое редактирование его ответа. Также незначительные вещи все равно потребуют настройки, чтобы они выглядели как фигурка из учебника. В следующий раз, когда я сделаю что-то подобное, я попытаюсь использовать tikzDevice для правильной работы начертания шрифта, нижних индексов и т. Д. Я добавил фигурные скобки, но 1) я предпочитаю фигуру без нее и 2) я не мог заставить ggsave() использовать правильный шрифт, и фигурные скобки выглядели плохо в PDF (я сохранил изображение как PNG с помощью инструмента экспорта RStudio) .

## Confidence interval segments with ggplot 
# https://stackoverflow.com/questions/13773806/

# Data
d = structure(list(index = 1:6, name = c("I", "II", "III", "IV", 
"V", "VI"), xmin = c(0.06, -0.102, 0.487, 0.116, -0.436, 0.121
), xmax = c(-0.231, 0.135, 0.117, 0.338, -0.347, -0.055)), .Names = c("index", 
"name", "xmin", "xmax"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")

# Plot Data
x1 = -0.5              # lower limit of x-axis
x2 = +0.5              # upper limit of x-axis
y1 = -0.5              # lower limit of y-axis
y2 = max(d$index)+2    # upper limit of y-axis
z0 = 0                 # center of indifference zone
z1 = -0.25             # lower limit of indifference zone
z2 = +0.25             # upper limit of indifference zone
z3 = min(d$index)-0.5  # lower limit of indifference zone
z4 = max(d$index)+0.5  # lower limit of indifference zone

df = cbind(d, data.frame(z0 = z0, z1 = z1, z2 = z2, x1 = x1, x2 = x2, z3 = z3, z4 = z4)) 

# Plot confidence intervals
library(ggplot2) 
ggplot(data = df) +
    # extend the y-axis limits to make room for label
    coord_cartesian(xlim = c(x1, x2), ylim = c(y1, y2)) +
    # zone of indifference layer:
    geom_rect(aes(xmin = z1, xmax = z2, ymin = z3, ymax = z4),
        alpha = 0.5,
        fill = "grey") +
    # vertical line to indicate the true mean
    geom_segment(aes(x = z0, xend = z0, y = z3, yend = z4), linetype = 2) + 
    # confidence intervals with arrows: 
    geom_segment(aes(x = xmin, xend = xmax, y = index, yend = index),
        arrow = arrow(length = unit(0.3, "cm"), ends = "both"), size = 1) +
    # labels above the confidence intervals: 
    geom_text(aes(x = (xmin+xmax)/2, y = index+0.2, label = name), size = 4) +
    # make curly bracket - tweak vjust, hjust and size manually to center it!
    geom_text(aes(x = z0, y = z4, label = "{"), angle = 270, vjust = 0.38, hjust = 1, size = 80, fontface = "bold", family = 'Helvetica Neue UltraLight') + 
    # label above the indifference layer
    annotate("text", x = z0, y = y2, hjust = 0.5, vjust = 1,
        label = "Zone of Indifference\n", fontface = "bold", size = 5) +
    # label below the indifference layer 
    annotate("text", x = z0, y = y1, hjust = 0.5, 
        label = "P[1]-P[0]", parse = TRUE, # bold.italic does not survive parse=TRUE
        family = "Times", fontface = "bold.italic", size = 5) + 
    # tweak x-axis and ticks | get rid of default axis, ticks, labels, etc.
    scale_x_continuous(breaks = c(x1, x2), 
                    labels = c("-x", "+x")) +  # set breaks + labels
    #theme_void() +  # should have worked, but...
    theme(panel.background = element_rect(fill = NA, colour = NA)) +
    # insert tweaked horizontal x-axis + ticks
    theme(panel.grid = element_blank()) + 
    theme(panel.border = element_blank()) + # may want to keep
    theme(axis.line.y = element_blank()) +
    theme(axis.title.y = element_blank()) +
    theme(axis.ticks.y = element_blank()) +
    theme(axis.text.y = element_blank()) +
    theme(axis.line.x = element_line(size = 1, linetype = "solid")) +
    theme(axis.title.x = element_blank()) +
    theme(axis.ticks.x = element_line(size = 1)) +
    theme(axis.ticks.length = unit(.3, "cm")) +
    theme(axis.text.x = element_text(size = 14)) 

ggsave("ggplot-ci-indifference.pdf", device = cairo_pdf)
## the curly-brace does not print properly!

введите здесь описание изображения

Было бы красивее без фигурных скобок.

Кредит: фигурные скобки см .: Как добавить фигурные скобки к графику. ?

person PatrickT    schedule 28.03.2018