Ошибка в as.dendrogram

Я пытаюсь сделать дендрограмму, используя большие данные.

Я использую библиотеки stats, phyclust,

distances <- phyclust.edist(Data[,],edist.model = .edist.model[3]) 
dataHClust <- hclust(distances, "ave")
dhc <- as.dendrogram(dataHClust)

hclust работает нормально, и я могу построить его, и он правильно его рисует. После того, как я использую функцию as.dendrogram, она не дает мне ошибки. Но когда я либо:

  • попробуй нарисовать это
  • используйте dendrapply для применения функций.

он говорит:

Error in lapply(args, is.character) : node stack overflow 
Error in dev.flush() : node stack overflow

Проблема в том, что as.dendrogram не может обрабатывать большие наборы данных (~ 30000)? Если да, то есть ли ему альтернатива?


r hclust dendrogram
person user1562626    schedule 09.12.2012    source источник
comment
Не могли бы вы добавить свой код (как вы называете dendrapply?) и некоторые данные, чтобы воспроизвести ошибку?   -  person agstudy    schedule 09.12.2012
comment
Ваше решение, вероятно, находится здесь: stackoverflow.com/questions/16559250 /ошибка-в-тепловой карте-2-gplots   -  person Tal Galili    schedule 03.05.2015

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я думаю, что это проблема с построением большого набора данных, потому что я смог заставить ваш код работать с небольшим набором данных.

Вы можете попробовать разрезать дендрограмму, чтобы она поместилась на графике с параметром h или height в as.dendrogram.

person Nagy    schedule 27.01.2014