Передача нескольких аргументов через командную строку в R

Хотя он не был выпущен на CRAN, когда был задан этот вопрос, сейчас существует бета-версия модуля argparse, которая может это сделать. По сути, это оболочка вокруг популярного одноименного модуля python, поэтому для его использования необходимо установить последнюю версию python. См. Примечания по установке для получения дополнительной информации. Базовый пример включал суммирование произвольно длинного списка чисел, который не должно быть сложно изменить, чтобы вы могли получить произвольно длинный список входных файлов.

> install.packages("argparse")
> library("argparse")
> example("ArgumentParser")

То, как вы описываете параметры командной строки, отличается от того, как большинство людей ожидает их использования. Обычно опция командной строки принимает единственный параметр, а параметры без предшествующей опции передаются как аргументы. Если аргумент может принимать несколько элементов (например, список файлов), я бы предложил проанализировать строку с помощью strsplit ().

Вот пример использования optparse:

library (optparse)
option_list <- list ( make_option (c("-f","--filelist"),default="blah.txt", 
                                   help="comma separated list of files (default %default)")
                     )

parser <-OptionParser(option_list=option_list)
arguments <- parse_args (parser, positional_arguments=TRUE)
opt <- arguments$options
args <- arguments$args

myfilelist <- strsplit(opt$filelist, ",")

print (myfilelist)
print (args)

Вот несколько примеров выполнения:

$ Rscript blah.r -h
Usage: blah.r [options]


Options:
    -f FILELIST, --filelist=FILELIST
        comma separated list of files (default blah.txt)

    -h, --help
        Show this help message and exit


$ Rscript blah.r -f hello.txt
[[1]]
[1] "hello.txt"

character(0)
$ Rscript blah.r -f hello.txt world.txt
[[1]]
[1] "hello.txt"

[1] "world.txt"
$ Rscript blah.r -f hello.txt,world.txt another_argument and_another
[[1]]
[1] "hello.txt" "world.txt"

[1] "another_argument" "and_another"
$ Rscript blah.r an_argument -f hello.txt,world.txt,blah another_argument and_another
[[1]]
[1] "hello.txt" "world.txt" "blah"     

[1] "an_argument"      "another_argument" "and_another"     

Обратите внимание, что для strsplit вы можете использовать регулярное выражение для определения разделителя. Я бы предложил что-то вроде следующего, что позволит вам использовать запятые или двоеточия для разделения вашего списка:

myfilelist <- strsplit (opt$filelist,"[,:]")

Перед вашим скриптом test.R вы помещаете это:

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

hh <- paste(unlist(args),collapse=' ')
listoptions <- unlist(strsplit(hh,'--'))[-1]
options.args <- sapply(listoptions,function(x){
         unlist(strsplit(x, ' '))[-1]
        })
options.names <- sapply(listoptions,function(x){
  option <-  unlist(strsplit(x, ' '))[1]
})
names(options.args) <- unlist(options.names)
print(options.args)

получить :

$inputfiles
[1] "fileA.txt" "fileB.txt" "fileC.txt"

$printvar
[1] "yes"

$size
[1] "10"

$anotheroption
[1] "helloworld"

После поиска и избегания написания нового пакета снизу вверх я решил, что лучший способ ввести несколько аргументов с помощью пакета optparse - разделить входные файлы символом, который, скорее всего, незаконно включать в имя файла ( например, двоеточие)

Rscript test.R --inputfiles fileA.txt:fileB.txt:fileC.txt etc...

В именах файлов также могут быть пробелы, если они экранированы (optparse позаботится об этом)

Rscript test.R --inputfiles file\ A.txt:file\ B.txt:fileC.txt etc...

Ultimatley, было бы неплохо иметь пакет (возможно, модифицированную версию optparse), который бы поддерживал несколько аргументов, как указано в вопросе и ниже

Rscript test.R --inputfiles fileA.txt fileB.txt fileC.txt

Можно было бы подумать, что такие тривиальные функции будут реализованы в широко используемом пакете, таком как optparse

Ваше здоровье

Решение @agstudy не работает должным образом, если входными аргументами являются списки одинаковой длины. По умолчанию sapply сворачивает входные данные одинаковой длины в матрицу, а не в список. Исправление достаточно простое, просто явно установите для упрощения значение false в sapply, анализирующем аргументы.

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

hh <- paste(unlist(args),collapse=' ')
listoptions <- unlist(strsplit(hh,'--'))[-1]
options.args <- sapply(listoptions,function(x){
         unlist(strsplit(x, ' '))[-1]
        }, simplify=FALSE)
options.names <- sapply(listoptions,function(x){
  option <-  unlist(strsplit(x, ' '))[1]
})
names(options.args) <- unlist(options.names)
print(options.args)