Передача аргументов командной строки в R CMD BATCH

У меня сложилось впечатление, что R CMD BATCH - это что-то вроде реликвии. В любом случае, более свежий исполняемый файл Rscript (доступен на всех платформах) вместе с commandArgs() значительно упрощает обработку аргументов командной строки.

В качестве примера приведу небольшой скрипт - назовите его "myScript.R":

## myScript.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rnorm(n=as.numeric(args[1]), mean=as.numeric(args[2]))

А вот как выглядит его вызов из командной строки

> Rscript myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

Изменить:

Не то чтобы я рекомендовал это, но ... используя комбинацию source() и sink(), вы можете заставить Rscript создать .Rout файл, подобный тому, который создается R CMD BATCH. Один из способов - создать небольшой сценарий R - назовите it RscriptEcho.R, который вы вызываете напрямую с помощью Rscript. Это могло бы выглядеть так:

## RscriptEcho.R
args <- commandArgs(TRUE)
srcFile <- args[1]
outFile <- paste0(make.names(date()), ".Rout")
args <- args[-1]

sink(outFile, split = TRUE)
source(srcFile, echo = TRUE)

Чтобы выполнить ваш фактический сценарий, вы должны сделать:

Rscript RscriptEcho.R myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

который будет выполнять myScript.R с предоставленными аргументами и принимать чередующиеся ввод, вывод и сообщения в объект с уникальным именем .Rout.

Edit2:
Вы можете запустить подробный сценарий Rscript и поместить подробный вывод в файл.

Rscript --verbose myScript.R 5 100 > myScript.Rout

Попробовав описанные здесь варианты, я нашел этот пост от Forester в р-блоггерах. Я думаю, что это чистый вариант, который стоит рассмотреть.

Я поместил его код сюда:

Из командной строки

$ R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=1 b=c(2,5,6)' test.R test.out &

Test.R

##First read in the arguments listed at the command line
args=(commandArgs(TRUE))

##args is now a list of character vectors
## First check to see if arguments are passed.
## Then cycle through each element of the list and evaluate the expressions.
if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
    ##supply default values
    a = 1
    b = c(1,1,1)
}else{
    for(i in 1:length(args)){
      eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}

print(a*2)
print(b*3)

В test.out

> print(a*2)
[1] 2
> print(b*3)
[1]  6 15 18

Спасибо Forester!

Вам нужно поставить аргументы перед my_script.R и использовать - в аргументах, например.

R CMD BATCH -blabla my_script.R

В этом случае commandArgs() получит -blabla как строку символов. Подробнее см. В справке:

$ R CMD BATCH --help
Usage: R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Run R non-interactively with input from infile and place output (stdout
and stderr) to another file.  If not given, the name of the output file
is the one of the input file, with a possible '.R' extension stripped,
and '.Rout' appended.

Options:
  -h, --help        print short help message and exit
  -v, --version     print version info and exit
  --no-timing           do not report the timings
  --            end processing of options

Further arguments starting with a '-' are considered as options as long
as '--' was not encountered, and are passed on to the R process, which
by default is started with '--restore --save --no-readline'.
See also help('BATCH') inside R.

В вашем сценарии R с именем test.R:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)
myargument <- args[length(args)]
myargument <- sub("-","",myargument)
print(myargument)
q(save="no")

Из командной строки запустите:

R CMD BATCH -4 test.R

Ваш выходной файл test.Rout покажет, что аргумент 4 был успешно передан R:

cat test.Rout

> args <- commandArgs(trailingOnly = F)
> myargument <- args[length(args)]
> myargument <- sub("-","",myargument)
> print(myargument)
[1] "4"
> q(save="no")
> proc.time()
user  system elapsed 
0.222   0.022   0.236 

Я добавляю ответ, потому что считаю, что однострочное решение всегда хорошо! Поверх вашего myRscript.R файла добавьте следующую строку:

eval(parse(text=paste(commandArgs(trailingOnly = TRUE), collapse=";")))

Затем отправьте свой сценарий примерно так:

R CMD BATCH [options] '--args arguments you want to supply' myRscript.R &

Например:

R CMD BATCH --vanilla '--args N=1 l=list(a=2, b="test") name="aname"' myscript.R &

Потом:

> ls()
[1] "N"    "l"    "name"

Вот еще один способ обработки аргументов командной строки, используя R CMD BATCH. Мой подход, основанный на предыдущем ответе здесь, позволяет вам указывать аргументы в командной строке и, в вашем сценарии R, укажите некоторые или все значения по умолчанию.

Вот R-файл, который я назвал test.R:

defaults <- list(a=1, b=c(1,1,1)) ## default values of any arguments we might pass

## parse each command arg, loading it into global environment
for (arg in commandArgs(TRUE))
  eval(parse(text=arg))

## if any variable named in defaults doesn't exist, then create it
## with value from defaults
for (nm in names(defaults))
  assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]))[[1]])

print(a)
print(b)

В командной строке, если я наберу

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 b=c(2,5,6)' test.R

тогда внутри R у нас будет a = 2 и b = c(2,5,6). Но я мог бы, скажем, опустить b и добавить другой аргумент c:

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 c="hello"' test.R

Затем в R у нас будет a = 2, b = c(1,1,1) (по умолчанию) и c = "hello".

Наконец, для удобства мы можем заключить код R в функцию, если мы заботимся о среде:

## defaults should be either NULL or a named list
parseCommandArgs <- function(defaults=NULL, envir=globalenv()) {
  for (arg in commandArgs(TRUE))
    eval(parse(text=arg), envir=envir)

  for (nm in names(defaults))
    assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]), envir=envir)[[1]], pos=envir)
}

## example usage:
parseCommandArgs(list(a=1, b=c(1,1,1)))