Объединение нескольких растров в R

Вы можете использовать do.call

ast14dmo.sd$tolerance <- 1
ast14dmo.sd$filename <- paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg.tif", sep = "")
ast14dmo.sd$overwrite <- TRUE
mm <- do.call(merge, ast14dmo.sd)

Вот некоторые данные из примера в raster::merge

r1 <- raster(xmx=-150, ymn=60, ncols=30, nrows=30)
r1[] <- 1:ncell(r1)
r2 <- raster(xmn=-100, xmx=-50, ymx=50, ymn=30)
res(r2) <- c(xres(r1), yres(r1))
r2[] <- 1:ncell(r2)

x <- list(r1, r2)
names(x) <- c("x", "y")
x$filename <- 'test.tif'
x$overwrite <- TRUE
m <- do.call(merge, x)

Функция «слияния» из пакета Raster работает немного медленнее. Для больших проектов более быстрый вариант - работать с командами gdal в R.

library(gdalUtils)
library(rgdal)

Создайте список всех растровых файлов, к которым вы хотите присоединиться (в вашем текущем рабочем каталоге).

all_my_rasts <- c('r1.tif', 'r2.tif', 'r3.tif')

Создайте растровый файл шаблона для построения. Подумайте об этом как о большом пустом холсте, на который можно добавить плитки.

e <- extent(-131, -124, 49, 53)
template <- raster(e)
projection(template) <- '+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs'
writeRaster(template, file="MyBigNastyRasty.tif", format="GTiff")

Объедините все растровые плитки в один большой растр.

mosaic_rasters(gdalfile=all_my_rasts,dst_dataset="MyBigNastyRasty.tif",of="GTiff")
gdalinfo("MyBigNastyRasty.tif")

Это должно работать очень хорошо для скорости (быстрее, чем слияние в растровом пакете), но если у вас есть тысячи тайлов, вы можете даже сначала изучить создание vrt.

Вы можете использовать Reduce, например, так:

Reduce(function(...)merge(...,tolerance=1),ast14dmo.sd)

Инструмент мозаики SAGA GIS (http://www.saga-gis.org/saga_tool_doc/7.3.0/grid_tools_3.html) дает максимальную гибкость для объединения числовых слоев и по умолчанию выполняется параллельно! Вам нужно только сначала перевести все растры / изображения в формат SAGA .sgrd, а затем запустить командную строку saga_cmd.

Я столкнулся с той же проблемой, и я использовал

#Read desired files into R
data_name1<-'file_name1.tif' 

r1=raster(data_name1)

data_name2<-'file_name2.tif'

r2=raster(data_name2)

#Merge files
new_data <- raster::merge(r1, r2)

Хотя он не создавал новый объединенный растровый файл, он сохранялся в среде данных и создавал объединенную карту при построении.

Я столкнулся со следующей проблемой, когда пытался наложить мозаику из нескольких растров друг на друга.

In vv[is.na(vv)] <- getValues(x[[i]])[is.na(vv)] :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length 

Как отметил @Robert Hijmans, это, вероятно, из-за смещения растров. Чтобы обойти это, мне пришлось сначала пересэмплировать растры.

library(raster)

x  <- raster("Base_raster.tif")
r1 <- raster("Top1_raster.tif")
r2 <- raster("Top2_raster.tif")

# Resample
x1 <- resample(r1, crop(x, r1))
x2 <- resample(r2, crop(x, r2))

# Merge rasters. Make sure to use the right order
m <- merge(merge(x1, x2), x)

# Write output
writeRaster(m,
            filename = file.path("Mosaic_raster.tif"),
            format = "GTiff",
            overwrite = TRUE)

Я протестировал решение с использованием gdalUtils, предложенного Мэтью Бейли. Работает довольно хорошо и быстро (у меня есть около 1000 изображений, которые нужно объединить). Однако после проверки документа mosaic_raster функции здесь , Я обнаружил, что он работает без создания растрового шаблона перед мозаикой изображений. Я вставил примеры кодов из документа ниже:

outdir <- tempdir()
gdal_setInstallation()
valid_install <- !is.null(getOption("gdalUtils_gdalPath"))
if(require(raster) && require(rgdal) && valid_install)
{
layer1 <- system.file("external/tahoe_lidar_bareearth.tif", package="gdalUtils")
layer2 <- system.file("external/tahoe_lidar_highesthit.tif", package="gdalUtils")
mosaic_rasters(gdalfile=c(layer1,layer2),dst_dataset=file.path(outdir,"test_mosaic.envi"),
    separate=TRUE,of="ENVI",verbose=TRUE)
gdalinfo("test_mosaic.envi")

}