Как использовать as.DNAbin {ape} с последовательностями ДНК, хранящимися во фрейме данных?

У меня есть фреймворк с названиями локусов в одном столбце и последовательностями ДНК в другом. Я пытаюсь использовать as.DNAbin{ape} или что-то подобное для создания объекта ДНКбин.

Вот несколько примеров данных:

х <- структура (с ( "55548", "43297", "35309", "34468", "AATTCAATGCTCGGGAAGCAAGGAAAGCTGGGGACCAACTTCTCTTGGAGACATGAGCTTAGTGCAGTTAGATCGGAAGAGCA", "AATTCCTAAAACACCAATCAAGTTGGTGTTGCTAATTTCAACACCAACTTGTTGATCTTCACGTTCACAACCGTCTTCACGTT", "AATTCACCACCACCACTAGCATACCATCCACCTCCATCACCACCACCGGTTAAGATCGGAAGAGCACACTCTGAACTCCAGTC", "AATTCTATTGGTCATCACAATGGTGGTCCGTGGCTCACGTGCGTTCCTTGTGCAGGTCAACAGGTCAAGTTAAGATCGGAAGA"), .dim = с (4L, 2L))

Если я попробую y <- as.DNA(x) R создаст своего рода объект DNAbin с 4 последовательностями ДНК (4 строки в примере) длиной 2 (два столбца, я полагаю), меток не будет, и, конечно, базовая композиция тоже не работает. .

Документация не очень ясна, но, поиграв с данными примера woodmouse пакета, я думаю, что мне нужно создать матрицу с каждой базой в качестве столбца, а затем использовать as.DNAbin. Т.е. в приведенном выше примере матрица 4 x 84 (1 столбец для имени локуса и 83 для последовательностей?). Есть какие-нибудь советы, как это сделать? Или какая-нибудь идея получше?

Спасибо


r ape-phylo dna-sequence
person A.Mstt    schedule 14.01.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Первый параметр as.DNAbin должен быть матрицей или списком, содержащим последовательности ДНК, или объектом класса «выравнивание». Итак, ваша идея верна.

Учитывая, что x - это структура из исходного сообщения, приведенный ниже код подготавливает матрицу y:

y <- t(sapply(strsplit(x[,2],""), tolower))
rownames(y) <- x[,1]

Затем as.DNAbin(y) показывает:

4 DNA sequences in binary format stored in a matrix.

All sequences of same length: 83 

Labels: 55548 43297 35309 34468 

Base composition:
    a     c     g     t 
0.289 0.262 0.205 0.244
person redmode    schedule 14.01.2014
comment
Большое спасибо, это работает. Небольшое редактирование (настолько маленькое, что не позволяет мне это сделать: во вступительном параграфе должно быть написано as.DNAbin, а не as.DNA - person A.Mstt; 14.01.2014