Получение стандартных ошибок для объекта lme4 с помощью texreg

Я использовал фантастический пакет texreg для создания высококачественных HTML-таблиц из моделей lme4. К сожалению, по умолчанию texreg создает доверительные интервалы, а не стандартные ошибки, под коэффициентами для моделей из lme4 (см. стр. 17 документ JSS).

Например:

library(lme4)
library(texreg)
screenreg(lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy))

производит

Computing profile confidence intervals ...
Computing confidence intervals at a confidence level of 0.95. Use argument "method = 'boot'" for bootstrapped CIs.

===============================================
                               Model 1         
-----------------------------------------------
(Intercept)                     251.41 *       
                               [237.68; 265.13]
Days                             10.47 *       
                               [  7.36;  13.58]
-----------------------------------------------
AIC                            1755.63         
BIC                            1774.79         
Log Likelihood                 -871.81         
Deviance                       1743.63         
Num. obs.                       180            
Num. groups: Subject             18            
Variance: Subject.(Intercept)   612.09         
Variance: Subject.Days           35.07         
Variance: Residual              654.94         
===============================================
* 0 outside the confidence interval

И я бы предпочел увидеть что-то вроде этого:

Computing profile confidence intervals ...
Computing confidence intervals at a confidence level of 0.95. Use argument "method = 'boot'" for bootstrapped CIs.

===============================================
                               Model 1         
-----------------------------------------------
(Intercept)                     251.41 *       
                                (24.74)
Days                             10.47 *       
                                 (5.92)
-----------------------------------------------
[output truncated for clarity]

Есть ли способ переопределить это поведение? Насколько я могу судить, использование параметра ci.force = FALSE не работает.

Я придерживаюсь texreg, а не одного из других пакетов как звездочет, потому что texreg позволяет мне группировать коэффициенты в значимые группы.

Заранее спасибо за помощь!

(ОБНОВЛЕНИЕ: отредактировано, чтобы включить пример)


r lme4 texreg
person Jake Fisher    schedule 18.07.2014    source источник
comment
Пожалуйста, рассмотрите возможность включения небольшого воспроизводимого примера чтобы мы могли лучше понять и легче ответить на ваш вопрос.   -  person Ben Bolker    schedule 18.07.2014
comment
Спасибо! Я вставил один. Надеюсь, это поможет прояснить ситуацию. Если нет, пожалуйста, дайте мне знать. В очередной раз благодарим за помощь!   -  person Jake Fisher    schedule 19.07.2014

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Использование naive=TRUE приближается к тому, что вы хотите...

library(lme4); library(texreg)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
screenreg(fm1,naive=TRUE)

## ==========================================
##                                Model 1    
## ------------------------------------------
## (Intercept)                     251.41 ***
##                                  (6.82)   
## Days                             10.47 ***
##                                  (1.55)   
## ------------------------------------------
## [etc.]

Я не знаю, откуда вы взяли значения 24,94, 5,92 из ...?

sqrt(diag(vcov(fm1)))
## [1] 6.824556 1.545789

cc <- confint(fm1,which="beta_")
apply(cc,1,diff)/3.84
## (Intercept)        Days 
##    7.14813     1.61908

Подразумеваемые стандартные ошибки, основанные на масштабировании доверительных интервалов профиля, немного шире, но не сильно отличаются.

Чего я не знаю, как легко сделать, так это получить тесты/звезды значимости на основе доверительных интервалов профиля, при этом получая стандартные ошибки в таблице. Согласно записи ci.test в ?texreg,

  • при печати ЭК texreg печатает одну звездочку, если доверительные интервалы не включают ноль
  • когда печатаются SE, он печатает стандартное количество звезд в зависимости от размера p-значения.
person Ben Bolker    schedule 19.07.2014
comment
Это помогло, спасибо! Я получил SE от summary(fm1), но ясно, что это дало мне нечто иное, чем я думал. Поведение звезды с использованием опции naive = T было тем, что я хотел; Мне нужны звезды на основе размера p-значения, а не на основе того, включает ли ДИ 0. - person Jake Fisher; 21.07.2014
comment
FWIW вы скопировали стандартные отклонения случайных эффектов из сводки, а не стандартные ошибки параметров фиксированных эффектов ... - person Ben Bolker; 21.07.2014

arrow_upward
1
arrow_downward

Вы также можете попробовать установить для параметра include.ci значение FALSE.

model <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
texreg(model, include.ci = FALSE)
person Cassio Oliveira    schedule 29.04.2020