Пользовательский пакет R на OpenCPU / Пакет найден, но функции не видны

CI написал пакет R для OpenCPU и хочет использовать его на своем собственном облачном сервере. Я не могу получить доступ к каким-либо функциям, даже если сам пакет распознан и может быть обновлен, и я могу получить доступ к другим (нестандартным, например, базовым или статистическим) пакетам, как обычно, через POST и GET.

Я установил пользовательский пакет вместе со всеми зависимостями для /usr/local/lib/R/site-library и могу использовать функции из сеанса R локально на сервере.

> TestConnectivity
function (x = 100) 
{
    return(sum(rnorm(x)))
}
<environment: namespace:MyPkg>
> TestConnectivity()
[1] 4.174071

Функция экспортируется корректно (документация с использованием roxygen2):

> getNamespaceExports("MyPkg")
[1] "TestConnectivity"

но когда я обращаюсь к нему через OpenCPU (либо через браузер, либо через curl) в /ocpu/library/MyPkg/R/TestConnectivity, я получаю:

object 'TestConnectivity' not found

In call:
get(reqobject, paste("package", reqpackage, sep = ":"), inherits = FALSE)

/ocpu/library/MyPkg/R/ тоже пуст (обычно ожидается список экспортируемых функций), но сам пакет виден в браузере по адресу /ocpu/library/MyPkg/:

    Information on package 'MyPkg'

Description:

Package:       MyPkg
Description:   in development ...
Type:          Package
Version:       0.1.2
[...]

Index:

TestConnectivity        Test Connectivity of OpenCPU
MyPkg                   Provide R analysis of stored data.
MyPkg-package           Calculation package

Я добавил его имя в поле предварительной загрузки в /etc/opencpu/server.conf, но /ocpu/info показывает его только как loaded via a namespace (and not attached): [n] MyPkg_0.1.2. Я не знаю, если это проблема.

Я также добавил права доступа ко всем файлам, необходимым для работы пакета, в /etc/apparmor.d/opencpu.d/custom, например. файлы конфигурации DSN для подключения к базе данных ODBC.

Сам пакет состоит не только из функций, но и из собранных определений классов R6 и S3 (наследование в отдельных файлах) - тем не менее, ни один из них не используется в TestConnectivity(). Функции также не всегда помещаются в файлы с точно таким же названием, как и функция, а иногда несколько объединены в одном файле. (TestConnectivity() помещается в соответствующий файл TestConnectivity.R — если это имеет значение.)

Существуют ли какие-либо ограничения в отношении файловой структуры при использовании OpenCPU в отличие от локального использования пакета, что может вызвать эту проблему? Или могут быть причиной проблемы файлы определения класса? Любые предложения приветствуются.


r package cloud opencpu
person Wordsmyth    schedule 13.08.2014    source источник
comment
Кажется, ты все делаешь правильно. Никаких дополнительных ограничений на пакеты R в OpenCPU нет. Ваш код где-то общедоступен? Или простая версия пакета, которая показывает проблему? Вам будет легче помочь, если вы предоставите пример, который мы можем протестировать.   -  person Jeroen    schedule 13.08.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

спасибо за ответ (и за отличную работу над OpenCPU, кстати...)!

Я решил свою проблему, просто установив пакет в /home/myUser/R/3.1/library, например. .libPaths()[1] (или R-LIBS-USER[1]) вместо /usr/local/lib/R/site-library.

Я добился этого, постепенно создавая все более и более сложный тестовый пакет... и в тот момент, когда у меня почти была структура моего фактического проекта, он все еще работал. Разница была только в пути установки.

В общем, это, вероятно, проблема с управлением правами на моей виртуальной машине, а не с OpenCPU или моим пакетом. Извините, что не могу предоставить больше информации - если я наткнусь на что-то, я добавлю это сюда.

ИЗМЕНИТЬ. Я забыл: конечно, URL-адрес меняется с /ocpu/library/MyPkg/R/ на /ocpu/user/MyUsername/library/MyPkg/R/.

person Wordsmyth    schedule 13.08.2014