Как я могу экспортировать модель gbm в R?

Есть ли стандартный (или доступный) способ экспорта модели gbm в R? PMML будет работать, но когда я пытаюсь использовать библиотеку pmml, возможно, неправильно, я получаю сообщение об ошибке:

Например, мой код выглядит примерно так:

  library("gbm")
  library("pmml")

  model <- gbm(
      formula,
      data = my.data,
      distribution = "adaboost",
      n.trees = 450,
      n.minobsinnode = 10,
      interaction.depth = 4, shrinkage=0.05, verbose=TRUE)
  export <- pmml(model)
  # and then export to xml

И ошибка, которую я получаю:

Error in UseMethod("pmml") : no applicable method for 'pmml' applied to an object of class "gbm"

Я также пытался передать набор данных. В любом случае, я мог бы жить с другим форматом, который я могу анализировать программно (я буду оценивать на JVM), но PMML был бы замечательным, если бы был способ заставить это работать.


r machine-learning gbm pmml
person Josh Marcus    schedule 11.10.2014    source источник
comment
Оба из двух, которые я нашел на github, выгрузили модель GBM в виде простого текста, а затем выполнили некоторый индивидуальный синтаксический анализ. github.com/infnty/junkyard/blob/master/R/ gbm-scorer.cc gist.github.com/shanebutler/5456942   -  person greeness    schedule 14.10.2014
comment
Вы можете сериализовать структуры данных R с помощью пакета RProtoBuf. См. ответ на свой вопрос в резюме: stats.stackexchange.com/questions/118616/   -  person user1808924    schedule 20.10.2014
comment
Обновление: приведенный выше совет был хорошим. Готового решения я не нашел, поэтому реализовал пользовательский экспорт текста, а затем применил оценку на основе этого экспорта в Scala. Если получится, я открою исходный код и опубликую здесь.   -  person Josh Marcus    schedule 21.10.2014
comment
@JoshMarcus Вы в конечном итоге открыли исходный код результатов? Я очень заинтересован в экспорте мультиклассовых gbms в pmml   -  person Moderat    schedule 26.02.2016
comment
@Moderat Когда у меня было текстовое представление, я создал собственный счетчик gbm в Scala вместо экспорта в PMML. Извиняюсь!   -  person Josh Marcus    schedule 03.03.2016

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Вы можете выполнить эту работу с помощью r2pmml пакета. В настоящее время он поддерживает типы моделей регрессии (т. е. distribution = "gaussian") и бинарной классификации (т. е. distribution = "adaboost" или distribution = "bernoulli").

Ниже приведен пример кода для Auto MPG набора данных:

library("gbm")
library("r2pmml")

auto = read.csv(file = "AutoNA.csv", header = TRUE)

auto.formula = gbm(mpg ~ ., data = auto, interaction.depth = 3, shrinkage = 0.1, n.trees = 100, response.name = "mpg")
print(auto.formula)

r2pmml(auto.formula, "/tmp/gbm.pmml")
person user1808924    schedule 20.02.2015