Свяжите метки на наконечниках с филогенетическим деревом с помощью точек и исправьте переполненные метки на наконечниках

Я пытаюсь произвести реконструкцию предков, используя пакет ape and phytools в Rstudio. Моя проблема в том, что в моем филогенетическом дереве ярлыки на подсказках / названия видов переполнены и неразборчивы. В настоящее время в моем дереве есть набор данных из 262 видов.

Здесь можно найти пример файла нексуса с данными.

Дерево реконструкции предков, которое я создал, находится здесь: https://i.imgur.com/WFoEu7S.png.

Каждый вид имеет состояние символа 0 или 1 и имеет метки узлов и наконечников, адресованные каждому состоянию. В конце концов, я хотел бы раскрасить ветки соответствующим состоянием символа (которое у меня было красным или черным).

В идеале я хочу создать не ультраметрическое дерево, подобное предыдущему вопросу о переполнении стека по этой ссылке здесь.

Я безуспешно пытался реализовать код R из этой ссылки для своего собственного дерева.

Ниже мой код на R. Я все еще изучаю R, не знаком с некоторыми методами построения графиков и подозреваю, что это может быть проблемой здесь:

tree = read.nexus("test_nexus")
dichot_tree = multi2di(tree) 

dichot_tree$edge.length<-runif(n=nrow(dichot_tree$edge),min=0,max=1)

dichot_tree$edge.length[dichot_tree$edge.length<1]<-1
domest = read.nexus.data("test_nexus")    

aceDISCRETE<-ace(as.numeric(domest), dichot_tree, type="discrete")

plot(dichot_tree, cex=0.5, label.offset=1, no.margin=TRUE)
tiplabels(pch=22, bg=as.numeric(domest),cex=1, adj=1)
nodelabels(pie=aceDISCRETE$lik.anc, piecol=c("black", "red"), cex=0.25)

r plot tree phylogeny
person notesosa    schedule 27.01.2015    source источник
comment
Создайте воспроизводимый пример с образцом входных данных. У нас нет доступа к вашему файлу test_nexus, поэтому мы не можем запустить код, чтобы увидеть, что он делает.   -  person MrFlick    schedule 27.01.2015
comment
Я прошу прощения. Вот аналогичный пример файл нексуса. В дереве, которое я пытаюсь подражать, метки наконечников выровнены по вертикали на край страницы, обозначенный точками, и его можно увидеть здесь: i.stack.imgur.com/y31Bg. png.   -  person notesosa    schedule 28.01.2015
comment
ОБНОВЛЕНИЕ ПРОГРЕССА: мне удалось расположить метки наконечников вертикально и слева с серыми точками, используя блестящий код Mr. Flicks из предыдущего примера! Я до сих пор не уверен, как это работает, но позже я потрачу время на его торможение. Вот что я сделал: i.imgur.com/Oi186eJ.png Проблема теперь в переполненности метки видов   -  person notesosa    schedule 28.01.2015
comment
Вы пробовали просто сделать свой сюжет выше? Я не уверен, что еще ты хочешь делать. У вас очень много лейблов.   -  person MrFlick    schedule 28.01.2015
comment
Привет, MrFlick! Фактически да, это то, что я хочу сделать, но сейчас я не совсем понимаю, как это сделать. У меня тоже были проблемы с quark () на Mac. В общем, я не знаю, как сделать сюжет выше или разбить филогению на разделы для наглядности.   -  person notesosa    schedule 28.01.2015

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Есть несколько способов сделать этикетки на наконечниках более читабельными. Во-первых, вы можете уменьшить размер шрифта (это будет параметр cex функции построения изображения). Во-вторых, вы используете RStudio, и похоже, что в настоящее время у вас есть область графика в виде квадрата. Вы можете настроить различные панели так, чтобы область построения представляла собой очень высокий прямоугольник, который расширял бы ваше дерево при его построении. В качестве альтернативы вы можете создать внешнюю область графика (я использую windows(), и вы можете указать высоту и ширину). В качестве альтернативы, при сохранении графика в RStudio вы должны иметь возможность изменить выходную высоту / ширину / соотношение сторон. У вас тоже получится сделать его намного выше.

person William Gearty    schedule 11.03.2015