Загрузка пакета pi0. Проблема

Я пытаюсь использовать пакет pi0 с истинной зависимостью (http://cran.r-project.org/web/packages/pi0/pi0.pdf), чтобы создать матрицу t.test, как сообщает inside-r.org.

загружая посылку, я получаю:

Библиотека ('pi0') Ошибка в loadNamespace (j ‹- i [[1L]], c (lib.loc, .libPaths ()), versionCheck = vI [[j]]): нет пакета с именем 'qvalue' Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для 'pi0'

запуск этого кода:

set.seed(9992722)
dat=matrix(rnorm(30),3,10)
(pvals=matrix.t.test(dat,1,5,5)) # [1] 0.2112825 0.8366920 0.2891014
(pvals2=apply(dat,1,function(xx)t.test(xx[1:5],xx[6:10],var.equal=TRUE)$p.val))
all.equal(pvals,pvals2) ## TRUE

Я получил:

Ошибка: не удалось найти функцию "matrix.t.test"

У вас есть какое-нибудь решение?


r install.packages pi0
person Borexino    schedule 01.02.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Пакет pi0 импортирует пакет qvalue. К сожалению, пакет qvalue был удален из репозитория CRAN. Таким образом, вы получаете сообщение об ошибке при попытке загрузить пакет pi0.

Из DESCRIPTION файла pi0:

Импорт: Matrix (> = 1.0-0), numDeriv, limSolve (> = 1.5.2), rgl, scatterplot3d, qvalue, Iso (> = 0.0-5), quadprog (> = 1.5- 3), кернлаб

Пакет qvalue теперь доступен от Bioconductor. Вы можете использовать следующие команды для установки этого пакета.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("qvalue")

Теперь вы можете загрузить пакет pi0, и ваш код будет работать без проблем.

library(pi0)
person Sven Hohenstein    schedule 01.02.2015