Полужирный шрифт для значимых значений в таблице Rmarkdown

Я хочу создать матрицу корреляции значений r (для коэффициента корреляции Пирсона) и программно применить жирное форматирование к значениям, где значение p меньше 0,05 или 0,01 или что-то еще. Таблицы такого типа довольно часто встречаются в научной литературе, поэтому было бы полезно иметь простой способ их создания при использовании Rmarkdown. Например:

# compute matrix correlation
library(Hmisc)
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")

# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3

> df3
       mpg   cyl  disp    hp  drat    wt  qsec    vs    am  gear  carb
mpg   1.00 -0.85 -0.85 -0.78  0.68 -0.87  0.42  0.66  0.60  0.48 -0.55
cyl  -0.85  1.00  0.90  0.83 -0.70  0.78 -0.59 -0.81 -0.52 -0.49  0.53
disp -0.85  0.90  1.00  0.79 -0.71  0.89 -0.43 -0.71 -0.59 -0.56  0.39
hp   -0.78  0.83  0.79  1.00 -0.45  0.66 -0.71 -0.72 -0.24 -0.13  0.75
drat  0.68 -0.70 -0.71 -0.45  1.00 -0.71  0.09  0.44  0.71  0.70 -0.09
wt   -0.87  0.78  0.89  0.66 -0.71  1.00 -0.17 -0.55 -0.69 -0.58  0.43
qsec  0.42 -0.59 -0.43 -0.71  0.09 -0.17  1.00  0.74 -0.23 -0.21 -0.66
vs    0.66 -0.81 -0.71 -0.72  0.44 -0.55  0.74  1.00  0.17  0.21 -0.57
am    0.60 -0.52 -0.59 -0.24  0.71 -0.69 -0.23  0.17  1.00  0.79  0.06
gear  0.48 -0.49 -0.56 -0.13  0.70 -0.58 -0.21  0.21  0.79  1.00  0.27
carb -0.55  0.53  0.39  0.75 -0.09  0.43 -0.66 -0.57  0.06  0.27  1.00

n= 32 


P
     mpg    cyl    disp   hp     drat   wt     qsec   vs     am     gear   carb  
mpg         0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0171 0.0000 0.0003 0.0054 0.0011
cyl  0.0000        0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0004 0.0000 0.0022 0.0042 0.0019
disp 0.0000 0.0000        0.0000 0.0000 0.0000 0.0131 0.0000 0.0004 0.0010 0.0253
hp   0.0000 0.0000 0.0000        0.0100 0.0000 0.0000 0.0000 0.1798 0.4930 0.0000
drat 0.0000 0.0000 0.0000 0.0100        0.0000 0.6196 0.0117 0.0000 0.0000 0.6212
wt   0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000        0.3389 0.0010 0.0000 0.0005 0.0146
qsec 0.0171 0.0004 0.0131 0.0000 0.6196 0.3389        0.0000 0.2057 0.2425 0.0000
vs   0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0117 0.0010 0.0000        0.3570 0.2579 0.0007
am   0.0003 0.0022 0.0004 0.1798 0.0000 0.0000 0.2057 0.3570        0.0000 0.7545
gear 0.0054 0.0042 0.0010 0.4930 0.0000 0.0005 0.2425 0.2579 0.0000        0.1290
carb 0.0011 0.0019 0.0253 0.0000 0.6212 0.0146 0.0000 0.0007 0.7545 0.1290 

Затем я могу использовать knitr :: kable для создания таблицы уценки:

> knitr::kable(df3[[1]])


|     |        mpg|        cyl|       disp|         hp|       drat|         wt|       qsec|         vs|         am|       gear|       carb|
|:----|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|
|mpg  |  1.0000000| -0.8521619| -0.8475513| -0.7761683|  0.6811719| -0.8676594|  0.4186840|  0.6640389|  0.5998324|  0.4802848| -0.5509251|
|cyl  | -0.8521619|  1.0000000|  0.9020329|  0.8324475| -0.6999381|  0.7824958| -0.5912421| -0.8108118| -0.5226070| -0.4926866|  0.5269883|
|disp | -0.8475513|  0.9020329|  1.0000000|  0.7909486| -0.7102139|  0.8879799| -0.4336979| -0.7104159| -0.5912271| -0.5555692|  0.3949769|
|hp   | -0.7761683|  0.8324475|  0.7909486|  1.0000000| -0.4487591|  0.6587479| -0.7082234| -0.7230967| -0.2432043| -0.1257043|  0.7498125|
|drat |  0.6811719| -0.6999381| -0.7102139| -0.4487591|  1.0000000| -0.7124406|  0.0912048|  0.4402785|  0.7127111|  0.6996101| -0.0907898|
|wt   | -0.8676594|  0.7824958|  0.8879799|  0.6587479| -0.7124406|  1.0000000| -0.1747159| -0.5549157| -0.6924953| -0.5832870|  0.4276059|
|qsec |  0.4186840| -0.5912421| -0.4336979| -0.7082234|  0.0912048| -0.1747159|  1.0000000|  0.7445354| -0.2298608| -0.2126822| -0.6562493|
|vs   |  0.6640389| -0.8108118| -0.7104159| -0.7230967|  0.4402785| -0.5549157|  0.7445354|  1.0000000|  0.1683451|  0.2060234| -0.5696071|
|am   |  0.5998324| -0.5226070| -0.5912271| -0.2432043|  0.7127111| -0.6924953| -0.2298608|  0.1683451|  1.0000000|  0.7940587|  0.0575344|
|gear |  0.4802848| -0.4926866| -0.5555692| -0.1257043|  0.6996101| -0.5832870| -0.2126822|  0.2060234|  0.7940587|  1.0000000|  0.2740728|
|carb | -0.5509251|  0.5269883|  0.3949769|  0.7498125| -0.0907898|  0.4276059| -0.6562493| -0.5696071|  0.0575344|  0.2740728|  1.0000000|

Затем каким-то образом я хочу написать код, который изменит уценку для определенных ячеек в соответствии со значениями в другом фрейме данных. Например, в этой таблице выделите жирным шрифтом значения r, которым соответствует значение p, равное ‹0,001.

Как я могу это сделать? Возможно, используя потворство следующим образом: Как выделить жирным шрифтом ячейка в таблице (kable) в rmarkdown?


person Ben    schedule 09.01.2016    source источник


Ответы (1)


Мы могли бы сделать это так, используя pander:

library(pander)
library(Hmisc)

# compute matrix correlation
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")

# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3

# make cells of r values bold if p value is <0.01
emphasize.strong.cells(which(df3[[3]] < 0.001, arr.ind = TRUE))
pander(df3[[1]])

Который дает:

----------------------------------------------------------
  &nbsp;       mpg         cyl        disp         hp     
---------- ----------- ----------- ----------- -----------
 **mpg**        1      **-0.8522** **-0.8476** **-0.7762**

 **cyl**   **-0.8522**      1       **0.902**  **0.8324** 

 **disp**  **-0.8476**  **0.902**       1      **0.7909** 

  **hp**   **-0.7762** **0.8324**  **0.7909**       1     

 **drat**  **0.6812**  **-0.6999** **-0.7102**   -0.4488  

  **wt**   **-0.8677** **0.7825**   **0.888**  **0.6587** 

 **qsec**    0.4187    **-0.5912**   -0.4337   **-0.7082**

  **vs**    **0.664**  **-0.8108** **-0.7104** **-0.7231**

  **am**   **0.5998**    -0.5226   **-0.5912**   -0.2432  

 **gear**    0.4803      -0.4927   **-0.5556**   -0.1257  

 **carb**    -0.5509      0.527       0.395    **0.7498** 
----------------------------------------------------------
[output snipped]

И при рендеринге в HTML выглядит так (побочный эффект выделения жирных имен строк):

введите описание изображения здесь

Возможно ли что-то подобное при использовании только knitr?

person Ben    schedule 09.01.2016