Я хочу создать матрицу корреляции значений r (для коэффициента корреляции Пирсона) и программно применить жирное форматирование к значениям, где значение p меньше 0,05 или 0,01 или что-то еще. Таблицы такого типа довольно часто встречаются в научной литературе, поэтому было бы полезно иметь простой способ их создания при использовании Rmarkdown. Например:
# compute matrix correlation
library(Hmisc)
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")
# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3
> df3
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
mpg 1.00 -0.85 -0.85 -0.78 0.68 -0.87 0.42 0.66 0.60 0.48 -0.55
cyl -0.85 1.00 0.90 0.83 -0.70 0.78 -0.59 -0.81 -0.52 -0.49 0.53
disp -0.85 0.90 1.00 0.79 -0.71 0.89 -0.43 -0.71 -0.59 -0.56 0.39
hp -0.78 0.83 0.79 1.00 -0.45 0.66 -0.71 -0.72 -0.24 -0.13 0.75
drat 0.68 -0.70 -0.71 -0.45 1.00 -0.71 0.09 0.44 0.71 0.70 -0.09
wt -0.87 0.78 0.89 0.66 -0.71 1.00 -0.17 -0.55 -0.69 -0.58 0.43
qsec 0.42 -0.59 -0.43 -0.71 0.09 -0.17 1.00 0.74 -0.23 -0.21 -0.66
vs 0.66 -0.81 -0.71 -0.72 0.44 -0.55 0.74 1.00 0.17 0.21 -0.57
am 0.60 -0.52 -0.59 -0.24 0.71 -0.69 -0.23 0.17 1.00 0.79 0.06
gear 0.48 -0.49 -0.56 -0.13 0.70 -0.58 -0.21 0.21 0.79 1.00 0.27
carb -0.55 0.53 0.39 0.75 -0.09 0.43 -0.66 -0.57 0.06 0.27 1.00
n= 32
P
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
mpg 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0171 0.0000 0.0003 0.0054 0.0011
cyl 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0004 0.0000 0.0022 0.0042 0.0019
disp 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0131 0.0000 0.0004 0.0010 0.0253
hp 0.0000 0.0000 0.0000 0.0100 0.0000 0.0000 0.0000 0.1798 0.4930 0.0000
drat 0.0000 0.0000 0.0000 0.0100 0.0000 0.6196 0.0117 0.0000 0.0000 0.6212
wt 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.3389 0.0010 0.0000 0.0005 0.0146
qsec 0.0171 0.0004 0.0131 0.0000 0.6196 0.3389 0.0000 0.2057 0.2425 0.0000
vs 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0117 0.0010 0.0000 0.3570 0.2579 0.0007
am 0.0003 0.0022 0.0004 0.1798 0.0000 0.0000 0.2057 0.3570 0.0000 0.7545
gear 0.0054 0.0042 0.0010 0.4930 0.0000 0.0005 0.2425 0.2579 0.0000 0.1290
carb 0.0011 0.0019 0.0253 0.0000 0.6212 0.0146 0.0000 0.0007 0.7545 0.1290
Затем я могу использовать knitr :: kable для создания таблицы уценки:
> knitr::kable(df3[[1]])
| | mpg| cyl| disp| hp| drat| wt| qsec| vs| am| gear| carb|
|:----|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|
|mpg | 1.0000000| -0.8521619| -0.8475513| -0.7761683| 0.6811719| -0.8676594| 0.4186840| 0.6640389| 0.5998324| 0.4802848| -0.5509251|
|cyl | -0.8521619| 1.0000000| 0.9020329| 0.8324475| -0.6999381| 0.7824958| -0.5912421| -0.8108118| -0.5226070| -0.4926866| 0.5269883|
|disp | -0.8475513| 0.9020329| 1.0000000| 0.7909486| -0.7102139| 0.8879799| -0.4336979| -0.7104159| -0.5912271| -0.5555692| 0.3949769|
|hp | -0.7761683| 0.8324475| 0.7909486| 1.0000000| -0.4487591| 0.6587479| -0.7082234| -0.7230967| -0.2432043| -0.1257043| 0.7498125|
|drat | 0.6811719| -0.6999381| -0.7102139| -0.4487591| 1.0000000| -0.7124406| 0.0912048| 0.4402785| 0.7127111| 0.6996101| -0.0907898|
|wt | -0.8676594| 0.7824958| 0.8879799| 0.6587479| -0.7124406| 1.0000000| -0.1747159| -0.5549157| -0.6924953| -0.5832870| 0.4276059|
|qsec | 0.4186840| -0.5912421| -0.4336979| -0.7082234| 0.0912048| -0.1747159| 1.0000000| 0.7445354| -0.2298608| -0.2126822| -0.6562493|
|vs | 0.6640389| -0.8108118| -0.7104159| -0.7230967| 0.4402785| -0.5549157| 0.7445354| 1.0000000| 0.1683451| 0.2060234| -0.5696071|
|am | 0.5998324| -0.5226070| -0.5912271| -0.2432043| 0.7127111| -0.6924953| -0.2298608| 0.1683451| 1.0000000| 0.7940587| 0.0575344|
|gear | 0.4802848| -0.4926866| -0.5555692| -0.1257043| 0.6996101| -0.5832870| -0.2126822| 0.2060234| 0.7940587| 1.0000000| 0.2740728|
|carb | -0.5509251| 0.5269883| 0.3949769| 0.7498125| -0.0907898| 0.4276059| -0.6562493| -0.5696071| 0.0575344| 0.2740728| 1.0000000|
Затем каким-то образом я хочу написать код, который изменит уценку для определенных ячеек в соответствии со значениями в другом фрейме данных. Например, в этой таблице выделите жирным шрифтом значения r, которым соответствует значение p, равное ‹0,001.
Как я могу это сделать? Возможно, используя потворство следующим образом: Как выделить жирным шрифтом ячейка в таблице (kable) в rmarkdown?