Мне нужно выполнить деконволюцию изображения флуоресцентной бусины без функции распространения точки в MATLAB.

Я знаю, что могу использовать алгоритмы деконволюции, такие как LUCY, Weiner и Вслепую, но я не понимаю, как оценить PSF (функция распределения точек), которая необходима для алгоритмов LUCY и Weiner. В настоящее время я использую установку для микроскопии Widefield Florescence.

Я читал во многих местах в Интернете, что флуоресцентная бусина представляет собой объект с низким разрешением и, следовательно, импульсную функцию. Хотя я понимаю, что OTF (оптическая передаточная функция) представлена ​​изображением, которое я получаю, как мне наложиться на деконволюцию изображения, которое у меня есть, используя то же самое изображение?

Вот пример изображения, которое я пытаюсь развернуть:

У меня есть программа, которая автоматически выделяет бусину и обрезает остальную часть изображения. Все, что мне нужно сделать, это применить к этому деконволюцию.

Моя конечная цель — получить оптическое сечение путем деконволюции набора 2D-срезов, которые я получил из видео, и представления их с помощью программного обеспечения для 3D.

Так может кто-нибудь объяснить, что мне нужно сделать, либо теоретически (или с точки зрения MATLAB, что было бы предпочтительнее).


Одно из возможных решений

Поговорив с несколькими людьми, я заметил, что у EPFL есть ресурс Java, который можно вызывать из МАТЛАБ. Это генератор PSF, основанный на спецификациях вашего микроскопа. Этот сгенерированный PSF можно использовать с LUCY и Weiner.


Альтернативное решение

Я также нашел этот ресурс , которая представляет собой библиотеку MATLAB, посвященную тому, над чем я сейчас работаю.


Это (мне бы очень понравилось, если бы кто-то тоже попытался ответить на этот вопрос) — так я буду измерять производительность алгоритмов деконволюции. Я считаю, что конечный результат моей деконволюции будет зависеть от оценки PSF (ресурс EPFL или алгоритм Правина) и алгоритма деконволюции (слепой, LUCY, Weiner и т. д.). Я опубликую таблицу всех результатов здесь, как только это будет сделано.


person SDG    schedule 27.01.2016    source источник
comment
Используете ли вы широкопольную флуоресцентную микроскопию? Если нет, то какую модальность вы используете?   -  person Benoit_11    schedule 27.01.2016
comment
@ Benoit_11 Я использую микроскопию светлого поля. Точное название микроскопии, которое мне дали, было «Микроскопия с переназначением оптических фотонов» (OPRA), поскольку я несу ответственность только за данные. Я уверен, что он не был конфокальным, но позвольте мне выяснить (влияет ли деконволюция на расфокусированный свет?)   -  person SDG    schedule 27.01.2016
comment
Да, процесс деконволюции зависит от света вне фокуса, если только он не несет никакой полезной информации и является только шумом. У меня сейчас мало времени, но я постараюсь написать подробный ответ позже :)   -  person Benoit_11    schedule 27.01.2016
comment
@ Benoit_11 Это определенно не Confocal, так что, я думаю, это широкое поле? Во-первых, размытие не в фокусе все еще является частью изображения.   -  person SDG    schedule 27.01.2016
comment
да, это было бы широкое поле   -  person Benoit_11    schedule 27.01.2016
comment
@ Benoit_11 Есть новости по этому ответу?   -  person SDG    schedule 01.02.2016


Ответы (1)


Как я уже говорил в вопросах, ключевым моментом является создание модели PSF с использованием одного из теоретических генераторов PSF, а затем ввод как 3D-стека изображений, так и 3D-стека PSF. Я также ответил на связанный вопрос об измерении производительности алгоритма деконволюции в моем конкретном случае, поэтому, пожалуйста, не стесняйтесь просить меня что-либо очистить.

person SDG    schedule 09.02.2016