Ошибка при запуске MaxEnt из «biomod2» в R

Я пытаюсь подогнать некоторые модели распространения видов, используя пакет biomod2 в R.

Я собрал все необходимые данные таким образом, что biomod2 успешно подходит для моделей, использующих все методы, кроме MaxEnt, который выдает ошибку:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: running command 'java -mx512m -jar C:/Users/ajb273/inSync Share/PhD/Data/SDMs R/maxent.jar environmentallayers="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Back_swd.csv" samplesfile="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Sp_swd.csv" projectionlayers="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Predictions/Pred_swd.csv" outputdirectory="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/Bushcrow_PA1_RUN10_MAXENT_outputs" outputformat=logistic  redoifexists visible=FALSE linear=TRUE quadratic=TRUE product=TRUE threshold=TRUE hinge=TRUE lq2lqptthreshold=80 l2lqthreshold=10 hingethreshold=15 beta_threshold=-1 beta_categorical=-1 beta_lqp=-1 beta_hinge=-1 defaultprevalence=0.5 autorun nowarnings notooltips noaddsamplestobackground' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
   cannot open file 'Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/Bushcrow_PA1_RUN10_MAXENT_outputs/Bushcrow_PA1_RUN10_Pred_swd.csv': No such file or directory

Я подумал, что это может быть из-за того, что biomod2 не удалось найти MaxEnt или Java, но у меня загружен пакет rJava, и я попытался запустить MaxEnt в пакете dismo в том же сеансе R, и он работает нормально.

Кто-нибудь знает, что может происходить?

Спасибо, Эндрю


r rjava maxent
person Andrew    schedule 01.03.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Просто чтобы сообщить всем заинтересованным пользователям, я наконец решил это. Кажется, что MaxEnt в biomod2 не будет принимать пробелы в пути к файлу maxent.jar, по крайней мере, иногда. Я переместил свои файлы в другой каталог без пробела, и теперь он работает.

person Andrew    schedule 01.03.2016