Ошибка при использовании rscript

На моем Mac установлена ​​версия R для Homebrew (OS X, El Capitan 10.11.5). Я успешно использую rscript около двух недель. Однако, когда я попытался запустить скрипт сегодня утром, используя rscript file.r, я получил следующую ошибку:

/usr/local/Cellar/r/3.3.1/R.framework/Versions/3.3/Resources/bin/R: строка 209: /usr/local/Library/ENV/4.3/sed: нет такого файла или каталога

/usr/local/Cellar/r/3.3.1/R.framework/Versions/3.3/Resources/bin/R: строка 209: /usr/local/Library/ENV/4.3/sed: нет такого файла или каталога

Неустранимая ошибка: невозможно открыть файл '': нет такого файла или каталога

(Это полная ошибка. Да, она появляется дважды, это не опечатка.)

Получив эту ошибку, я попытался удалить и переустановить r с помощью homebrew. Я получаю ту же ошибку. Единственный другой пакет, который я установил с момента последнего использования rscript (насколько мне известно), это pspp, но я не вижу причин, почему это должно повлиять на rscript.

Конечно, ошибка говорит о том, что файл /usr/local/Library/ENF/4.3/sed не может быть найден. После проверки /usr/local/library это, конечно, правда, но я не знаю, как это исправить. Похоже, что rscript просто пытается получить доступ к sed, который встроен в OS X.

Есть идеи, что я могу сделать?

Было обнаружено, что это ошибка, содержащаяся в Homebrew / science. Отчет об ошибке можно найти здесь: https://github.com/Homebrew/homebrew-science/issues/3839

Временное исправление для этого (проверено на OS X, по состоянию на 07-19-2016 12:54, центральная часть) от ck37 на github:

mkdir /usr/local/Library/ENV
ln -s /usr/local/Library/Homebrew/shims/super/ /usr/local/Library/ENV/4.3

person K. Shores    schedule 18.07.2016    source источник
comment
Вы вызываете sed в своем file.r?   -  person Roland    schedule 18.07.2016
comment
можете ли вы получить доступ к sed утилите вне этого сценария. т.е. из командной строки unix. Похоже на проблему с PATH переменной окружения?   -  person chidori    schedule 18.07.2016
comment
Дубликат stackoverflow.com/q/38440350/1968   -  person Konrad Rudolph    schedule 18.07.2016


Ответы (1)


Вместо использования символических ссылок в качестве временного исправления и до тех пор, пока бутылка r не будет исправлена. Короткий ответ на brew reinstall -s r.

Я разместил этот ответ (с объяснением, почему это происходит) в дублировать вопрос, который решил эту проблему для меня.

person cdaloisio    schedule 20.07.2016