Диаграмма хорды R по кругу с логарифмической шкалой

Можно ли в пакете circlize сделать диаграмму хорды, отображающую значения log10? Пока мне удалось создать график со ссылками правильного размера, но соответствующая ось не будет совпадать. ось отображает сумму всех ссылок / зарегистрированных значений для каждого сектора, что неверно, поскольку суммирование зарегистрированных значений не соответствует суммированным необработанным значениям. Есть ли способ исправить эту проблему с осью?

ниже приведен пример того, что я пробовал до сих пор

library(circlize)

export_country <- c("DEU","USA","IDN","USA","IDN","USA","IDN","CAN","DEU","DEU","IDN","NZL","DEU","USA","USA","USA","IDN","SGP","IDN")
import_country <- c("JPN","JPN","USA","JPN","TWN","CAN","CHN","USA","CHN","CHN","DEU","JPN","USA","DNK","JPN","CHN","JPN","CHN","CHN")
flow <- c(2000,65780,78010,851,35353,845,738,120788,245900,90002,4426,6870,152681,78114,32591,19274,10915,23100,6275)

df <- data.frame(export_country, import_country, flow,stringsAsFactors = FALSE)


country = unique(c(df[[1]], df[[2]]))
color <- c("#E41A1C","#800000","#ff8c00","#ffd700","#008000","#00bfff","#377EB8",
               "#ff69b4","#800080","#4b0082")

df1 <- data.frame(country, color,stringsAsFactors = FALSE)

circos.clear()
circos.par(start.degree = 90, gap.degree = 5, track.margin = c(-0.1, 0.1), points.overflow.warning = FALSE)
par(mar = rep(0, 4))

chordDiagram(x = df[1:2],log10(df[3]), grid.col = color, transparency = 0.25,
         order = country, directional = 1,
         direction.type = c("arrows", "diffHeight"), diffHeight  = -0.04,
         annotationTrack = c("grid","axis"), annotationTrackHeight = c(0.05, 0.1),
         link.arr.type = "big.arrow", link.sort = TRUE, link.largest.ontop = TRUE)



circos.trackPlotRegion(
  track.index = 1, 
  bg.border = NA, 
  panel.fun = function(x, y) {
xlim = get.cell.meta.data("xlim")
sector.index = get.cell.meta.data("sector.index")
country = df1$country[df1$country == sector.index]

circos.text(x = mean(xlim), y = 4.4, 
            labels = country, facing = "bending", cex = 1, niceFacing = TRUE, adj = c(0.5, 0))

  }
 )

что дает следующий график


r logging circlize chord-diagram
person Koalaitystats    schedule 15.09.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Я считаю, что решить эту проблему невозможно. Поскольку сектор состоит из нескольких ссылок, если размер сектора логарифмически преобразован, что означает ширина каждой ссылки? Думаю, нам лучше забыть о масштабе каждого сектора и не показывать оси. С другой стороны, мы можем напрямую показать преобразованное значение без регистрации под каждой ссылкой или над ней.

В следующем коде, на самом деле, chordDiagram() возвращает фрейм данных, который содержит позиции каждой ссылки, затем мы можем использовать эту информацию для добавления незарегистрированных значений в нужное место.

Также обратите внимание, что первый аргумент в chordDiagram() в вашем коде был неправильным. Я поправил.

library(circlize)

export_country <- c("DEU","USA","IDN","USA","IDN","USA","IDN","CAN","DEU","DEU","IDN","NZL","DEU","USA","USA","USA","IDN","SGP","IDN")
import_country <- c("JPN","JPN","USA","JPN","TWN","CAN","CHN","USA","CHN","CHN","DEU","JPN","USA","DNK","JPN","CHN","JPN","CHN","CHN")
flow <- c(2000,65780,78010,851,35353,845,738,120788,245900,90002,4426,6870,152681,78114,32591,19274,10915,23100,6275)

df <- data.frame(export_country, import_country, flow,stringsAsFactors = FALSE)
df[[3]] = log10(df[[3]])

country = unique(c(df[[1]], df[[2]]))
color <- c("#E41A1C","#800000","#ff8c00","#ffd700","#008000","#00bfff","#377EB8",
               "#ff69b4","#800080","#4b0082")

df1 <- data.frame(country, color,stringsAsFactors = FALSE)

circos.clear()
circos.par(start.degree = 90, gap.degree = 5, track.margin = c(-0.1, 0.1), points.overflow.warning = FALSE)
par(mar = rep(0, 4))

res = chordDiagram(x = df, grid.col = color, transparency = 0.25,
         order = country, directional = 1,
         direction.type = c("arrows", "diffHeight"), diffHeight  = -0.04,
         annotationTrack = c("grid"), annotationTrackHeight = c(0.05, 0.1),
         link.arr.type = "big.arrow", link.sort = TRUE, link.largest.ontop = TRUE)



circos.trackPlotRegion(
  track.index = 1, 
  bg.border = NA, 
  panel.fun = function(x, y) {
    xlim = get.cell.meta.data("xlim")
    sector.index = get.cell.meta.data("sector.index")
    country = df1$country[df1$country == sector.index]

    circos.text(x = mean(xlim), y = 1.5, 
                labels = country, facing = "bending", adj = c(0.5, 0), cex = 1, niceFacing = TRUE)

      }
 )

for(i in seq_len(nrow(res))) {
  circos.text(x = res$x1[i] - res$value[i]/2, y = 0.5, round(10^(res$value[i])), facing = "inside",
      niceFacing = TRUE, adj = c(0.5, 0.5), cex = 0.5, col = "white", sector.index = res$rn[i], track.index = 1)
  circos.text(x = res$x2[i] - res$value[i]/2, y = 0.5, round(10^(res$value[i])), facing = "inside",
      niceFacing = TRUE, adj = c(0.5, 0.5), cex = 0.5, col = "white", sector.index = res$cn[i], track.index = 1)
}

введите здесь описание изображения

person Zuguang Gu    schedule 20.09.2016