Как объединить ежемесячные файлы netCDF TRMM в один файл netCDF с помощью NCO или R в Windows 7?

В R вы можете сделать это, прочитав все данные, объединив их в один большой трехмерный массив (latxlonxtime). Например, array [,, 1] будет сеткой latxlon для января 1998 года. Затем его можно сохранить в формате .rds для дальнейшего использования в R или сохранить как файл netCDF, который я не буду описывать, но есть учебные пособия по сохранению массивов R в виде файлов .nc в Интернете.

Сначала создайте файл .csv, содержащий один столбец со всеми именами файлов, которые вы загрузили. Один из простых способов - нажать ctrl-C для вывода результата ввода «ls» в терминале в лист Excel. Приведенный ниже код считывает эти файлы один за другим, добавляя каждый из них в массив.

library(ncdf4)
library(abind)
filenames=read.csv('TRMM.filenames.csv',head=F) #read in filenames
filenames=as.character(filenames[,1]) #convert to 'character' format

n.lon=192 #input the correct #'s here, must be the same for all files
n.lat=94

NA.matrix=matrix(rep(NA,n.lon*n.lat),nrow=n.lon) #used to initialize
prcp=array(NA.matrix,c(n.lon,n.lat,1)) #n.lonxn.latx1 array of NA's to initialize
for (i in 1:length(filenames)){
  ncdata=nc_open(filenames[i]) #read in file i, assuming files are in same location as filenames.csv/your current working directory
  #ncdata=nc_open(paste(data.dir,filenames[i],sep="")) #if your data is in another directory than the filenames.csv file, you could read it in with this line instead
  nc=ncvar_get(ncdata,"precip") #check the .nc files to see what the variable name actually is; this reads in the variable "precip"
  prcp=abind(prcp,nc)
}
prcp=prcp[,,-1] #remove the NA.matrix used to initialize

dim(prcp) #check that the lonxlatxtime dimensions make sense
saveRDS(prcp,'TRMM.all.rds') #save as .rds file, or proceed to save it as .nc file, which takes a bit more work

Это вполне возможно сделать с NCO. Я просмотрел ваши входные файлы, и у них просто не было измерения времени, поэтому ncrcat терпит неудачу. Добавьте измерение времени с помощью

ncecat -u time in.nc out.nc

Затем используйте ncrcat, как вы сказали выше. p.s. Я изменил сообщения об ошибках ncrcat и ncra, чтобы они более четко объясняли, как это сделать. Ранее СОВЕТЫ применялись только к случаям, когда файл уже имел размер, но он был исправлен. В ваших файлах не было измерения времени, поэтому введенная вами команда ncks не подействовала.

Отредактируйте, чтобы показать петли:

Чтобы сделать это или что-то подобное в цикле, используйте такую ​​конструкцию, как

for fl in `ls trmm*.nc`; do
    ncecat -u time ${fl} ${fl/trmm/trmm_new} # Base output name in input name
    ... # more processing
done

В руководстве NCO есть много примеров использования файловых циклов.