Чтение файла Excel по URL-адресу с помощью пакета readxl

Это работает для меня в Windows:

library(readxl)
library(httr)
packageVersion("readxl")
# [1] ‘0.1.1’

GET(url1, write_disk(tf <- tempfile(fileext = ".xls")))
df <- read_excel(tf, 2L)
str(df)
# Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame': 20131 obs. of  8 variables:
# $ Code                        : chr  "C115388" "C115800" "C115801" "C115802" ...
# $ Codelist Code               : chr  NA "C115388" "C115388" "C115388" ...
# $ Codelist Extensible (Yes/No): chr  "No" NA NA NA ...
# $ Codelist Name               : chr  "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "6 Minute Walk Functional Test Test Code" ...
# $ CDISC Submission Value      : chr  "SIXMW1TC" "SIXMW101" "SIXMW102" "SIXMW103" ...
# $ CDISC Synonym(s)            : chr  "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "SIXMW1-Distance at 1 Minute" "SIXMW1-Distance at 2 Minutes" "SIXMW1-Distance at 3 Minutes" ...
# $ CDISC Definition            : chr  "6 Minute Walk Test test code." "6 Minute Walk Test - Distance at 1 minute." "6 Minute Walk Test - Distance at 2 minutes." "6 Minute Walk Test - Distance at 3 minutes." ...
# $ NCI Preferred Term          : chr  "CDISC Functional Test 6MWT Test Code Terminology" "6MWT - Distance at 1 Minute" "6MWT - Distance at 2 Minutes" "6MWT - Distance at 3 Minutes" ...

Из этой проблемы на Github (# 278):

некоторые функции для поддержки более общих входных данных будут извлечены из readr, после чего readxl сможет это использовать.

Таким образом, мы сможем передавать URL-адреса напрямую read_excel() в (надеюсь, в ближайшем) будущем.

используйте пакет rio R. ссылка. Вот представитель:

library(tidyverse)
library(rio)
url <- 'https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/SDTM/SDTM%20Terminology.xls'
rio::import(file = url,which = 2) %>% 
  glimpse()
#> 
#> Rows: 30,995
#> Columns: 8
#> $ Code                           <chr> "C141663", "C141706", "C141707"...
#> $ `Codelist Code`                <chr> NA, "C141663", "C141663", "C141...
#> $ `Codelist Extensible (Yes/No)` <chr> "No", NA, NA, NA, "No", NA, NA,...
#> $ `Codelist Name`                <chr> "4 Stair Ascend Functional Test...
#> $ `CDISC Submission Value`       <chr> "A4STR1TC", "A4STR101", "A4STR1...
#> $ `CDISC Synonym(s)`             <chr> "4 Stair Ascend Functional Test...
#> $ `CDISC Definition`             <chr> "4 Stair Ascend test code.", "4...
#> $ `NCI Preferred Term`           <chr> "CDISC Functional Test 4 Stair ...

Когда я выполняю первые 3 строки, я получаю три файла во временной папке, а тот, у которого нет расширения, называется filed3a2827f129. Если я добавлю к этому файлу расширение .xls, его можно будет открыть с помощью функции Calc OpenOffice.org, и это будет верхний правый угол того, что отображается на панели просмотра для листа2.

Поэтому я подумал, может ли при вставке этого пути к файлу read_excel открыть его. Он не откроет исходное имя файла, но откроет переименованный файл:

> p1<-read_excel( path ="/private/var/folders/yq/m3j1jqtj6hq6s5mq_v0jn3s80000gn/T/RtmpxfaZRt/filed3a2827f129.xls", sheet = 2)
DEFINEDNAME: 21 00 00 01 0b 00 00 00 02 00 00 00 00 00 00 0d 3b 00 00 00 00 a3 4e 00 00 07 00 
DEFINEDNAME: 21 00 00 01 0b 00 00 00 02 00 00 00 00 00 00 0d 3b 00 00 00 00 a3 4e 00 00 07 00 
DEFINEDNAME: 21 00 00 01 0b 00 00 00 02 00 00 00 00 00 00 0d 3b 00 00 00 00 a3 4e 00 00 07 00 
DEFINEDNAME: 21 00 00 01 0b 00 00 00 02 00 00 00 00 00 00 0d 3b 00 00 00 00 a3 4e 00 00 07 00 
> str(p1)
Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':   20131 obs. of  8 variables:
 $ Code                        : chr  "C115388" "C115800" "C115801" "C115802" ...
 $ Codelist Code               : chr  NA "C115388" "C115388" "C115388" ...
 $ Codelist Extensible (Yes/No): chr  "No" NA NA NA ...
 $ Codelist Name               : chr  "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "6 Minute Walk Functional Test Test Code" ...
 $ CDISC Submission Value      : chr  "SIXMW1TC" "SIXMW101" "SIXMW102" "SIXMW103" ...
 $ CDISC Synonym(s)            : chr  "6 Minute Walk Functional Test Test Code" "SIXMW1-Distance at 1 Minute" "SIXMW1-Distance at 2 Minutes" "SIXMW1-Distance at 3 Minutes" ...
 $ CDISC Definition            : chr  "6 Minute Walk Test test code." "6 Minute Walk Test - Distance at 1 minute." "6 Minute Walk Test - Distance at 2 minutes." "6 Minute Walk Test - Distance at 3 minutes." ...
 $ NCI Preferred Term          : chr  "CDISC Functional Test 6MWT Test Code Terminology" "6MWT - Distance at 1 Minute" "6MWT - Distance at 2 Minutes" "6MWT - Distance at 3 Minutes" ...

Более простое решение - использовать пакет openxlsx. Вот пример, который можно адаптировать к вашим потребностям:

library(openxlsx)
df = read.xlsx("https://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/00242/ENB2012_data.xlsx",sheet=1)