Ошибка пакета RISmed: невозможно открыть соединение

Я пытаюсь использовать пакет RISmed для извлечения данных из научной базы данных PubMed. Я использовал ту же самую процедуру раньше, но теперь я не могу заставить ее работать. Пример ниже — игрушечный пример.

библиотека (RISmed)

res ‹- EUtilsSummary("конъюнктивит", type="search", db="pubmed", datetype='pdat', mindate=2000, maxdate=2015, retmax=500)

Ошибка в файле (con, "r"): невозможно открыть соединение

QueryCount (разрешение)

Ошибка в QueryCount(res): объект 'res' не найден

Предполагается, что «QueryCount(res)» возвращает количество совпадений, найденных с помощью запроса, но, поскольку он не нашел соединения, он не нашел никаких совпадений.

Я проверил, если R имеет подключение к Интернету, и кажется, что это так; у моего мака тоже проблем нет. У кого-нибудь еще появляется эта ошибка? Вы знаете, как это решить?

Помощь приветствуется!


r mesh pubmed
person Mignon Wuestman    schedule 03.02.2017    source источник
comment
Вывод traceback() и sessionInfo() может пролить больше света на причину ошибки   -  person Silence Dogood    schedule 03.02.2017
comment
Вот это работает res; [1] "pinkeye[All Fields] AND 2000[PDAT] : 2015[PDAT]"   -  person Roman    schedule 03.02.2017
comment
@Osssan traceback() дает следующее: 3: file(con, r) 2: readLines(url, warn = FALSE, encoding = encoding) at ‹tmp›#7 1: EUtilsSummary(pinkeye, type = search, db = pubmed , datetype = pdat, mindate = 2000, maxdate = 2015, retmax = 500)   -  person Mignon Wuestman    schedule 03.02.2017

Ответы (2)


arrow_upward
0
arrow_downward

Обновление пакета и перезапуск R сделали свое дело!

Я пытался обновить пакет несколько раз, но забыл перезапустить R.

Спасибо!

person Mignon Wuestman    schedule 03.02.2017

arrow_upward
0
arrow_downward

Вы можете добавить одну строку, например Sys.sleep(0.1), в свой код, чтобы сделать паузу в 0,1 с перед отправкой следующего запроса на поиск. Это сработало для меня.

person Lulu Shang    schedule 31.12.2018